Поль-Эмиль Бутиньи родился 10 марта 1853 года в Париже. Сын портнихи Клотильды Софи Бутиньи.
Учился живописи у Александра Кабанеля в Национальной высшей школе изящных искусств. В 1898 году стал кавалером ордена Почётного легиона. В следующем году создал художественный журнал «Cocorico», выступавший в поддержку стиля арт-нуво. Обложки некоторых номеров журнала создал художник Альфонс Муха.
Сам Бутиньи однако не занимался экспериментами в искусстве, работая над историческими сюжетами, причем его особый интерес вызывали события Вандейского мятежа и мятежа шуанов - восстаний крестьян на западе Франции под руководством аристократии и священников против Французской революции и позже - Наполеона. Писал он и картины, посвящённые другим военным действиям, в частности, по тематике Наполеоновских войн.
Умер 27 июня 1929 года в Париже.