Депутат Государственной Думы VII созыва. Член фракции партии «Единая Россия». Член комитетов Парламента по жилищной политике и жилищно-коммунальному хозяйству, а также по правовому обеспечению развития организаций оборонно-промышленного комплекса Российской Федерации. Заместитель губернатора Ростовской области, 2014-2016. Мэр города Ростов-на-Дону, 1996-2014.
Чернышев имеет ученую степень «Доктор экономических наук» защитив в Санкт-Петербургском государственном университете экономики и финансов диссертацию на тему: «Формирование инфраструктурного комплекса муниципальной экономики: Логистическая концепция.
С 1980 по 1985 год находился на партийной работе. Занимал посты заведующего отделом Октябрьского районного комитета КПСС, заместителя заведующего отделом Ростовского городским комитетом партии. С 1985 года являлся заместителем председателя исполнительного комитета Пролетарского районного Совета народных депутатов, заместителем заведующего организационно-инструкторским отделом исполкома Ростовского областного Совета народных депутатов, главой администрации Пролетарского района города Ростова-на-Дону.
В июле 1993 года Чернышев назначен главой администрации города Ростова-на-Дону. Через год избран депутатом Ростовской городской Думы и главой местного самоуправления города.
Михаил Анатольевич Чернышев в декабре 1996 года, получив 78 % голосов избирателей, победил на выборах мэра Ростова. В декабре 2000 года, декабре 2004 года и марте 2010 года переизбирался на эту должность. Находился руководителем города до 6 октября 2014 года, после чего ушел в отставку и перешел на работу в правительство Ростовской области.
Указом губернатора Ростовской области Василия Голубева с 7 октября 2014 года Чернышев Михаил Анатольевич назначен заместителем губернатора Ростовской области. На новом посту занимался вопросами жилищно-коммунального хозяйства, регионального государственного жилищного надзора, выявления административных правонарушений в области благоустройства территорий городов и других населенных пунктов Ростовской области и рассмотрения дел об административных правонарушениях, международного и межрегионального сотрудничества.
На выборах 18 сентября 2016 года Чернышев Михаил Анатольевич избран Депутатом Государственной Думы VII созыва от избирательного округа 0152, Южный - Ростовская область. Член фракции «Единая Россия». Член комитетов Парламента по жилищной политике и жилищно-коммунальному хозяйству, а также по правовому обеспечению развития организаций оборонно-промышленного комплекса Российской Федерации.
С 2016 по 2019 год, в течение исполнения полномочий депутата Государственной Думы Российской Федерации VII созыва, Михаил Анатольевич Чернышев выступил соавтором 33 законодательных инициатив и поправок к проектам федеральных законов.
Орден «За заслуги перед Отечеством» IV степени
Орден Дружбы
Орден Почета
Знак «Почетный строитель России»
По версии общественной организации «Всероссийский совет местного самоуправления» - лучший глава муниципального образования РФ в 2009 году
Женат вторым браком.
От первого брака есть две дочери - Ольга и Надежда.
Есть внук и внучка.
Вторая жена - Зоя Степанова, являлась депутатом Государственной думы с IV по VI созывы.