Николай Диденко родился 1 марта 1976 года в городе Москва. В 1982 году начал учиться в Московском хоровом училище имени А. В. Свешникова. В том же году поступил в музыкальную школу им. В. В. Стасова по классу скрипки. С 1996 года продолжил образование в Академии хорового искусства им. В.Попова, в 2003 году там же окончил аспирантуру. Учился у одного из выдающихся педагогов по вокалу Дмитрия Вдовина.
Выступал с Академическим хором мальчиков под управлением Виктора Попова. В конце 90-х работал как хоровой дирижер, регент, и вместе с детско-юношеским хором Патриаршего подворья неоднократно завоевывал первые места на хоровых фестивалях духовной музыки. Годы спустя Николай неоднократно поднимался на одну сцену вместе со знаменитыми хоровыми капеллами в качестве солиста - в частности, с хором Сретенского мужского монастыря.
С 2002 по 2003 год - ведущий солист театра «Новая Опера», исполнял партии в «Евгении Онегине», «Моцарте и Сальери», «Реквием».
2003-2005- солист Houston Grand Opera, США, исполнил партии в спектаклях «Турандот», «Севильский цирюльник», «Волшебная флейта», «Тоска», «Юлий Цезарь».
С 2004 года Николая Диденко представляет крупнейшее международное агентство «Асконас Холт», Англия. С этого момента начинается международная карьера Николая Диденко.
В разные годы он сотрудничал с Вашингтонской национальной оперой, Кельнской оперой, Датской Королевской оперой, Нью-Йорк Сити Опера, Опера Бастилия (Париж) и другими всемирно известными оперными театрами.
С марта 2013 года Николай Диденко - приглашённый солист Большого театра в опере В. Беллини «Сомнамбула».
Николай Диденко исполнил партии в операх «Моцарт и Сальери», «Риголетто», «Евгений Онегин», «Тоска», «Юлий Цезарь», «Мадам Баттерфляй», «Севильский Цирюльник», «Турандот», «Волшебная Флейта», «Маленький принц», «Трубадур», «Идоменей», «Ромео и Джулиетта», «Золушка», «Троянцы», «Милосердие Тита», «Дон Карлос», «Бал-маскарад», «Богема», «Сомнамбула», «Капулетти и Монтекки», «Аида», «Норма», «Турок в Италии», «Фальстаф», «Сила судьбы», «Симон Бокканегра», «Дон Жуан», «Борис Годунов», мировую премьеру оперы «Лисистрата» и участвовал в концертах исполняя Маленькую Торжественную мессу и «Стабат Матер» Россини; «Раёк», 13 и 14 симфонии Шостаковича, 8 симфонию Малера, Реквием и мессы Моцарта, «Стабат Матер» Дворжака, Реквием Верди.
С 2004 года Николай Диденко является бессменным художественным руководителем благотворительной программы «Белый пароход». Это программа музыкальной реабилитации, обучения вокалу, игре на музыкальных инструментах, работе в хоре для музыкально одаренных детей с ограниченными возможностями, детей из неполных семей, детских домов и интернатов. Возникла на Дальнем Востоке в Хабаровском крае, с годами приобрела всероссийский размах.
За годы существования «Белого парохода» его воспитанники и выпускники получили музыкальное образование в таких ведущих учебных заведениях России как Хоровое училище им. Свешникова, Академия хорового искусства им. В.Попова, ГМУЭДИ, РАМ им. Гнесиных и др., принимали участие в престижных детских и юношеских конкурсах, участвовали в Дельфийских играх, в детском Евровидении, и, главное, обрели новые семьи, опекунов и получили возможность изменить свою прежнюю жизнь.
Проект поддерживается Академией хорового искусства имени В.Попова и благотворительным фондом «АРИДИ». Среди тех, кто поддерживает и тепло отзывается о «Белом пароходе», - композитор Александра Пахмутова и поэт Николай Добронравов.
«Белый пароход» под руководством Николая Диденко с лета 2004 года провел несколько рейсов по Амуру, круиз по Волге, давал концерты как в Хабаровском крае, так и в Москве. Летом 2013 года по мере возобновления рейсов теплохода «Василий Поярков» на Дальнем Востоке Николай Диденко вместе со своими воспитанниками вновь отправился в музыкальный круиз по Амуру. С 2014 года с прекращением пассажирской навигации проект стал сухопутным детским оздоровительным лагерем.
В разные годы сотрудничал со знаменитыми певцами современности: Рамоном Варгасом, Рене Флеминг, Николаем Гяуровым, Миреллой Френи, Эдитой Груберовой, Федерикой Фон-Штаде, Владимиром Галузиным, Марией Гулегиной, Джун Андерсон, Брин Терфилем, Матти Сальминеном, Массимо Джордано, Лорой Клейкомб и др.; под управлением дирижёров Антониелло Аллеманди, Патрика Саммерса, Эдоардо Мюллера, Нелло Санти, Марко Армильято, Владимира Федосеева, Владимира Спивакова, Рудольфа Баршая, Михаила Плетнёва, Геннадия Рождественского и др.
В феврале 2017 хоровая запись Penderecki Conducts Penderecki, Volume 1 с участием артиста номинирована и получила премию Грэмми. Но поскольку в категории "Лучшее хоровое исполнение" приз вручается только дирижерам хора и оркестра, Диденко не является обладателем премии "Грэмми".