Даниил Дондурей родился 19 мая 1948 года в городе Ульяновск. По отцу потомок евреев-сефардов. В 1971 году окончил факультет теории и истории искусства Академии художеств в Ленинграде, а впоследствии - аспирантуру Института социологии АН СССР в 1975, став кандидатом философских наук.
С 1975 года по 1981 год работал в Институте истории искусств, после в период с 1981 года по 1986 год в НИИ культуры РСФСР, и наконец с 1986 года по 1993 год находился в Институте киноискусства. Печатается с 1972 года в журналах «Декоративное искусство», «Смена», «Огонёк», «Литературное обозрение», «Искусство кино», «Эксперт», «Вопросы философии», «Знамя», «Отечественные записки».
С 1979 года является членом Союза художников СССР. С 1982 года входит в союз театральных деятелей РСФСР. С 1988 в союзе кинематографистов СССР. Секретарь Союза кинематографистов СССР с 1990 года. Член коллегии Госкино РФ с 1991 года.
С 1993 года Даниил Борисович принял пост главного редактора журнала «Искусство кино». С тех пор составил ряд научных сборников по социологии культуры, теории и истории изобразительного искусства, театра и кино. Его работы переведены и опубликованы в Болгарии, Венгрии, Вьетнаме, Германии, Италии, Кубе, Польше, Румынии, США, Франции, Чехословакии.
В 2001 году вошел в состав коллегии Министерства культуры РФ. Лауреат премий «Литературной газеты», журналов «Литературное обозрение», «Смена», «Декоративное искусство».
В марте 2014 года подписал письмо «Мы с Вами!» КиноСоюза в поддержку Украины.
В 2016 году Дондурей Даниил Борисович стал лауреатом Национальной кинематографической премии Ника. Ему была вручена почётная награда «За вклад в кинематографические науки, критику и образование».