Джон Фавро родился 19 октября 1966 года в городе Нью-Йорк, США. Полное имя - Джонатан Коля Фавро. Рос в семье учителей. Мама Джона умерла от лейкемии, когда сыну было 13 лет. По окончании престижной Высшей школы наук в 1984 году, он поступил в Квинс-колледж, но учился там недолго. Имея гремучую смесь еврейской, французской, итальянской кровей, он просто не мог поступить иначе как пойти в актеры.
Фавро отправился в Чикаго, где вступил в театральную импровизационную труппы ImrovOlympic. Джон Фавро рассказывал: «Я начал свой собственный маленький бизнес, занимаясь анимацией, в то же время бегал на прослушивания и мыл посуду в едальных заведениях Чикаго». Однако Джо мечтал сниматься в кино, а для этого надо было двигаться в Лос-Анджелес, куда он собственно и направился. Несколько лет Джо Фавро снимался в небольших ролях в неприметных фильмах.
Первая интересная работа у актера появилась в начале 90-х годов. Он сыграл в картине «Руди», на съемках которой познакомился с актером Винсом Воном. С Винсом они не просто стали большими друзьями, но продолжили вместе работать над многими проектами, которые им обоим принесли успех и популярность. Далее Фавро «засветился» в сериале «Сайнфелд», последовали незаметные роли, но в заметных картинах, например, «Бэтман навсегда».
Джон решил запуститься с собственным проектом, идею которого вынашивал давно. Он сам написал сценарий к фильму. Режиссером стал Даг Лайман, а продюсером - Джон Фавро. Одну из главных ролей сыграл сам Джон, а другую - друг Винс Вон. Картина получила название «Тусовщики». Вдохновленный успехом, Джон Фавро ввязался в съемки новых картин, но они провалились. Затем актер воплотил на экране легенду американского бокса в телевизионном фильме «Рокки Марчиано», исполнил главные роли в спортивной комедии «Замена» и в романтической комедии «Любовь и секс».
В 2001 году Джон Фавро дебютировал как режиссер. Он снял комедию «Все схвачено» о приключениях двух друзей, боксеров-любителей. Фавро написал сценарий, выступил как продюсер, в одной из главных ролей он задействовал своего друга Винса Вона, а в другой снялся сам. Далее режиссерско-актерская жизнь Джона Фавро, можно сказать, потекла, как по маслу. Он сыграл в картинах «Сорвиголова», «Большая пустота», «Любовь по правилам и без».
В качестве режиссера сделал полюбившиеся зрителям фильмы «Эльф», «Затура: Космическое приключение». Но самое хитовое произведение Фавро с точки зрения коммерческого успеха «Железный человек» - научно-фантастический боевик, рассказывающий о приключениях одноименного персонажа комиксов компании Marvel.
В ноябре 2000 года Джон Фавро заключил брак с Джойей Тиллем, племянницей Лена Тиллема, сотрудника KGO. Пара воспитывает сына Макса, родившегося 25 июля 2001 года, и двух дочерей - Мэйделин, родившуюся в апреле 2003 года, и Брайтон Роуз, которая родилась в августе 2006 года.