Джон Макгинли родился 3 августа 1959 года в городе Нью-Йорк, США. Его отец был биржевым маклером, а мать - учителем. Кроме него у родителей было еще четверо детей. Известная фамилия досталась актеру от ирландского прадедушки.
Джон К. МакГинли учился в школе штата Нью-Джерси и занимался футболом. Для того чтобы стать актером, молодой человек поступил в университет Сиракуз на отделение актерского мастерства. Так как он был очень целеустремленным человеком, следующим этапом в его жизни был университет в Нью-Йорке, где Джон продолжил обучение.
После получения актерского образования молодой актер был занят в разных отраслях: бродвейских постановках, театральных мыльных операх, пока не получил свою первую роль в кино - это был проект 1986 года «Сладкая свобода». Впервые на телевидении Джон К. МакГинли появился в роли Нэда в драматическом сериале «Другой мир». В этом проекте актер был задействован на протяжении двух лет.
Первые годы карьеры Джону доставались только роли второго плана. После работы над кинокартиной «Денни и глубокое синее море», где он был дублером главного героя, жизнь актера резко изменилась. Известный режиссер Оливер Стоун обратил на него внимание и пригласил его в свою картину «Взвод». В этом оскороносном проекте он работал с такими актерами, как Том Беренджер, Чарли Шин, Уиллем Дефо. После этого он снимался еще в нескольких фильмах режиссера.
В девяностых годах Джон К. МакГинли на экранах появлялся с завидной периодичностью. Среди фильмов с его участием проект «На гребне волны» в тандеме с Киану Ривзом и другими известными актерами, триллер «Семь» с актрисой Гвинет Пэлтроу, а также актерами Морганом Фриманом и Брэдом Питтом. Кроме того он снялся в боевике «Скала» с такими актерами, как Николас Кейдж и Шон Коннерри.
За работу в фильме ужасов «Острота ощущений» Джон К. МакГинли получил неплохие зрительские оценки и удостоился положительной рецензии критиков. В начале XXI века Джон сыграл в тандеме с легендарным Сильвестром Сталлоне в фильме «Убрать Картера». После этого актера ждала работа в комедийной картине «Животное» 2001 года, совместно с Робом Шнайдером.
После этого МакГинли пригласили на роль доктора Кокса в сериале «Клиника». Обаятельный и циничный врач, который обучал своих интернов в своеобразной манере, полюбился многим зрителям. Проект больше похож на телевизионное шоу, чем на комедийный сериал, с необходимыми комментариями рассказчика, он является самым популярным проектом в подобном жанре, который успешно транслировался целых девять сезонов.
Среди других работ актера следует отметить такие, как «Я, Алекс Кросс», «Реальные кабаны». После этого МакГинли вошел в главный актерский состав известного сериала «Черная метка», зрители увидели его на экранах, начиная с 6 сезона этого проекта.
Однако карьера Джона не заканчивалась на киноплощадках. Например, в 2005 году в свет вышла книга, написанная им: «Как быть услышанным, не сказав ни слова». Кроме того, он работал в философском университете в Дублине. Также актер озвучивал многие мультипликационные проекты: Супергерой Атом в сериале «Лига Справедливости», Белая тень в мультипликационном многосерийном фильме «Гетто», Рудольф Фансворт в «Ким Пять-с-плюсом». Кроме того, есть проекты, в которых продюсером был Джон К. МакГинли, фильмы: «Смотри на это», «Секс и другой мужчина», «Колин Фитц» и «Джек Булл».
Первый раз актер женился в 1997 году, его супругой стала прекрасная Лорен Ламберт. В семье сразу родился ребенок - Макс, к которому всегда был очень привязан Джон К. МакГинли. Сын, к сожалению, родился с синдромом Дауна, но за трепетное отношение к мальчику сайт iParenting.com присвоил Джону почетное звание «Отец месяца». Первый брак распался в конце 2001 года, супруги официально оформили развод в декабре.
Через несколько лет в жизни актера появилась Николь Кесслер из Малибу, которая работала тогда инструктором по йоге. В 2007 году МакГинли решился на повторный брак. Церемония была не слишком пышной, она прошла в кругу самых близких, в загородном доме молодоженов. Через год в семье родилась дочь - Билли Грэйс, а спустя два года Николь подарила актеру еще одну девочку - Кейт Алину.