Джонни Флинн родился 14 марта 1983 года в городе Йоханнесбург, ЮАР. Рос в семье актера и певца Эрика Флинна и его второй жены Кэролайн Форбс. У Джо есть единокровные братья от первого брака его отца, актеры Джером Флинн и Дэниел Флинн, а также старшая сестра Керри Флинн и младшая сестра Лилли Флинн от второго брака отца.
Когда мальчику было два года, он вместе с семьей переехал в Великобританию. С 6 лет Джо играет на скрипке. Мальчик пел в церковном хоре и учился играть на двух музыкальных инструментах - скрипка и труба. Однажды на конкурсе он выиграл музыкальную стипендию в школе Пилигримс.
Позже он самостоятельно выучился играть на гитаре и получил вторую стипендию и школе Бедалес, независимой школе в городке Стрип в Гэмпшире. Он изучал актерское мастерство в Академии драматического искусства Веббера Дугласа. Впоследствии стал выступать в музыкальной группе «The Sussex Wit».
Как киноактер, Джо известен по фильмам «Крестовый поход в джинсах», «Двенадцатая ночь», «Зильс-Мария», «Однажды в Нью-Йорке», «Что-то в воздухе», «Лотофаги»и сериалам «Гений», «Питер Кингдом вас не бросит», «Внутри девятого номера», «Вспомнить все связи», «Искатели сокровищ», «Холби Сити».