Джозеф Магуайр родился в 1952 году в городе Нью-Йорк, США. Получил степень бакалавра в области образования Манхэттенского колледжа. Затем стал магистром в области национальной безопасности Школы усовершенствования офицерского состава ВМС. Позднее являлся стипендиатом программы национальной безопасности Гарвардского университета.
Магуайр начал свою военную службу в 1974 году в качестве офицера палубного дивизиона на десантном транспорте-доке «Коронадо». В 1977 году после окончания базовой школы водолазов-подрывников и боевых пловцов, получил квалификацию офицера морского спецназа Navy SEAL.
Затем Джозеф Магуайр проходил службу в составе 21-й команды водолазов-подрывников, 2-го отряда специального назначения ВМС, 2-й команды специальных транспортировочных средств, Группы развертывания специальных боевых действий ВМС США, 2-й группы специального назначения ВМС. Кроме того, в разное время занимал должности флаг-адъютанта командующего морскими десантными силами Седьмого флота ВМС США, командира 2-го отряда специального назначения ВМС, и офицера по назначениям личного состава в морские силы специальных операций в Главном управлении кадров ВМС.
С середины 1990 годов Магуайр последовательно являлся заместителем командующего Тихоокеанским командованием специальных операций США, директором Центра специальных операций ВМС, и заместителем командующего командованием специальных операций Военно-морских сил США. С 2001 по 2002 год занимал должность начальника штаба Командования специальных операций США.
Затем до марта 2004 года Джозеф Магуайр возглавлял Центр по организационной структуре, ресурсам и стратегическим оценкам Командования специальных операций США. Позднее стал командиром специальных операций Военно-морских сил США. С июля 2007 года занимал пост заместителя директора по стратегическому оперативному планированию Национального контртеррористического центра США. В 2010 году ушел в отставку.
Президент Соединенных Штатов Америки Дональд Трамп 9 августа 2019 года назначил Джозефа Магуайра исполняющим обязанности директора Национальной разведки США.
Медаль «За выдающуюся службу»
Медаль «За отличную службу» Министерства обороны с дубовым листом
Орден «Легион Почёта» с золотой звездой награждения
Медаль «За похвальную службу» Министерства обороны
Медаль похвальной службы с двумя золотыми звездами награждения
Благодарственная медаль ВМС и Корпуса морской пехоты с двумя золотыми звездами награждения
Медаль достижений ВМС и корпуса морской пехоты
Награда за выдающееся единство части
Благодарность части ВМС
Медаль за службу национальной обороне с бронзовой звездой за службу
Медаль за службу в войне с глобальным терроризмом
Медаль за гуманитарную помощь с двумя бронзовыми звездами за службу
Лента «За участие в операциях ВМС» с тремя бронзовыми звездами за службу
Лента ВМС и морской пехоты службы за границей с тремя бронзовыми звездами за службу
Медаль ВМФ «Эксперт по стрельбе из винтовки»
Медаль ВМФ «Эксперт по стрельбе из пистолета»
Нагрудная эмблема военнослужащего Navy SEAL
Знак парашютиста ВМС и морской пехоты США