Мэри Эль Фэннинг родилась 9 апреля 1998 года в маленьком городке Коньерс, штат Джорджия, США. У Эль есть старшая сестра Дакота Фэннинг-актриса. Имеет немецкие и ирландские корни.

Эль начала свою актёрскую карьеру в три года, играя персонажей старшей сестры Дакоты, в ещё более юном возрасте в мини-сериале «Похищенные» 2002 года и фильме «Я - Сэм» 2001 года. В 2002 в возрасте четырёх лет Эль получила свою первую независимую от сестры роль в фильме «Дежурный папа». В 2003 снялась в фильме «Дверь в полу» с Джеффом Бриджесом и Ким Бейсингер в главных ролях.

В конце 2003 года Эль сыграла эпизодическую роль в фильме «Благодаря Винн Дикси», а в 2004-м озвучивала персонажа Мей в диснеевской англоязычной версии мультфильма «Мой сосед Тоторо». Позже, в этом же году снималась в независимом фильме «С кем бы отведать сыра». В начале 2005-го снималась в «Паутине Шарлотты», играя «будущую внучку» Ферн Арабл, персонаж сестры Дакоты, но эти сцены были потом вырезаны. В середине того же года Эль сыграла Дебби Джонс, дочь персонажей Брэда Питта и Кейт Бланшетт в номинированном на «Оскар» фильме «Вавилон».

В начале 2006 снялась в фильмах «Девятки» и «Дежа вю» с Дензелом Вашингтоном в главной роли, а чуть позже в этом же году в мини-сериале «Потерянная комната» в роли исчезнувшей дочери главного героя. С конца 2006-го Эль Фэннинг играет более заметные роли, например, роль скорбящей дочери персонажей Хоакина Феникса и Дженнифер Коннелли в фильме «Заповедная дорога» о трагической автокатастрофе, в которой погиб брат персонажа Эль.

В середине 2007 года появилась в небольшой роли в фильме «Загадочная история Бенджамина Баттона», где она сыграла персонажа Кейт Бланшетт в детстве. В конце 2007 снялась в главной роли Фиби совместно с Фелисити Хаффман в фильме «Фиби в Стране чудес», фантастической истории о маленькой девочке, которая не может, или не хочет, следовать правилам.

В марте 2008 года Эль и её сестра Дакота были приглашены на съёмки фильма «Мой ангел-хранитель», но предложение было отклонено, так как Дакота отказалась брить голову налысо, как того требовал сценарий.

В 2010 вышел фильм известного сценариста и продюсера Софии Копполы «Где-то», в котором принимает участие и Эль Фэннинг в роли 11-летней дочери главного героя в исполнении Стивена Дорффа. На 67-м Венецианском кинофестивале фильм получил главный приз - Золотого льва.

В 2011 году Эль получила роль Лили в фильме Кэмерона Кроу «Мы купили зоопарк». Она играет 13-летнюю девочку, которая незаконно работает в кафе зоопарка и живёт с двоюродной сестрой Келли, которую играет Скарлетт Йоханссон. Позже Эль сыграла главную роль в фильме Андрея Кончаловского «Щелкунчик и Крысиный Король», который вышел 24 ноября 2010 года в США и 1 января 2011 в России. В 2011 году вышел фантастический фильм Дж. Дж. Абрамса «Супер 8», где Эль сыграла одну из ведущих ролей - школьницы Элис Дайнард.

В 2012 году вышел фильм-драма «Бомба» с Эль Фэннинг и Элис Энглерт в главных ролях. В 2013 году Эль снялась в футуристической драме «Молодёжь» с Николасом Холтом. В 2014 году вышел фэнтезийный фильм режиссёра Роберта Стромберга «Малефисента», где Эль сыграла роль принцессы Авроры. В настоящее время снимается в ремейке фильма режиссёра Дона Сигела с участием Клинта Иствуда «Обманутый». Среди приглашённых звёзд фильма - Колин Фаррелл, Кирстен Данст и Уна Лоуренс.