Эрнст Цвирнер родился 28 февраля 1802 года в городе Котлярни, Польша. Образование Цвирнер получил в строительном училище в Бреслау и Архитектурной академии в Берлине.
Цвирнер всегда тяготел к готическому стилю, он основательно изучил его по сохранившимся архитектурным памятникам и выбрал направляющим в своем творчестве. Это обстоятельство в значительной степени помогло возрождению Германии.
Самый главный труд архитектора - строительство Кельнского собора. В этом строительстве Цвирнер принимал участие с 1833 года и до самой своей смерти. Именно благодаря таланту Цвирнера Кёльнский собор являет собой жемчужину готического стиля. Его работу продолжил помощник Фойгтель. Собор был достроен уже после смерти Эрнста Цвирнера, в 1880 году.
Среди других значимых работ Эрнста Фридриха Цвирнера следует отметить церковь святого Аполлинария в Ремагене, замок князя Фюрстенберга в Гердрингене, замок Мойланд близ Клеве, две церкви - в Эльберфельде и в Мюльгейме на Рейне, а также синагогу в Кельне.
Эрнст Фридрих Цвирнер скончался 22 сентября 1861 года в Кельне.