Кирилл Еськов родился 16 сентября 1956 года в городе Москва. Окончил кафедру энтомологии биологического факультета Московского университета, затем работал во ВНИИ охраны природы и заповедного дела.
С 1988 года работает старшим научным сотрудником в лаборатории артропод Палеонтологического института РАН. Занимается ископаемыми членистоногими. Кандидат биологических наук, автор специальных и научно-популярных работ, школьных учебников. Вице-президент Евразийского арахнологического общества. Университетский и школьный преподаватель. Лауреат гранта правительства Москвы.
Приобрел известность романами в жанре криптоистории, где применял подход исторической науки к вымышленным событиям, легендам и священным текстам, в частности «Властелину Колец» Толкина и Евангелию. За фантастический роман «Последний кольценосец» получил премию «Странник».
В августе 2012 года выступил с инициативой открытого письма, в котором осуждалось преследование оппозиционера Константина Крылова.
Творчество Кирилла Еськова высоко оценил писатель-фантаст Борис Стругацкий. Это утверждение, сделанное 4 ноября 2012 года, стало его последним ответом в офлайн-интервью с читателями.
Полный список работ Еськова включает около сотни научных и научно-популярных статей, несколько художественных произведений, а также критику и публицистику, а также статьи и монографии по таксономии паукообразных и исторической биогеографии.