Историк античности и искусства. Археолог. Специалист в области античной археологии и античного искусства. Член-корреспондент Петербургской академии наук. Профессор.
Борис Фармаковский родился 12 февраля 1870 года, в городе Киров, Кировская область. В 1892 году, окончил историко-филологическое отделение Новороссийского университета. По окончании обучения, остался в ВУЗе, для подготовки к профессорскому званию по кафедре истории искусств.
Далее, в 1894 году, Фармаковский командирован на три года за границу, где учился у Дерпфельда. Являлся членом-сотрудником Одесского общества истории и древностей.
В 1895 году вернулся в Россию. С 1896 года, по поручению Археологической комиссии проводил раскопки на некрополе Ольвии и на острове Березань.
Позднее, с 1897 года, опытный историк преподавал в VI гимназии города Санкт-Петербург.
В период с 1898 по 1900 год, занимал должность ученого секретаря Русского археологического института в городе Константинополь, Стамбул. Принимал непосредственное участие в раскопках близ города Патели, Македония.
С 1901 года, Борис Фармаковский входил в состав Императорской археологической комиссии. Систематически руководил раскопками Ольвии, которой посвящены работы в «Известиях Императорской Археологической Комиссии». Установил основную территорию города, систему планировки и обороны, устройство построек. Также, вел археологические исследования в Киеве, Евпатории и Керчи.
Впоследствии, в 1902 году, в Новороссийском университете, Борис Фармаковский защитил магистерскую диссертацию на тему «Аттическая вазовая живопись и ее отношение к искусству монументальному в эпоху непосредственно после греко-персидских воин» и получил степень магистра теории и истории искусств.
С 1904 года, занимал должность профессора ПИФИ. В 1905 году, занял пост приват-доцента, а с 1919 года - профессора Ленинградского университета. Позднее, с 1910 года, являлся профессором Петербургских ВЖК. Занимал аналогичную должность в Петроградском археологическом институте.
Входил в состав Императорского Русского археологического общества и Германского археологического института. Член-корреспондент Петербургской академии наук. Один из основателей РАИМК-ГАИМК. Автор 82 научных публикаций.
Умер 29 июля 1928 года. Похоронен на Шуваловском кладбище города Санкт-Петербург.