Михаил Федотов родился 20 ноября 1916 года в селе Тимлюй Кабанского района Республики Бурятия. Вырос в семье крестьянина. После окончания четырех классов работал в колхозе полеводом. В 1937-1939 годах проходил действительную службу в Красной Армии на Дальнем Востоке. После демобилизации вернулся в родное село. В 1939 году окончил курсы механизаторов, стал работать трактористоммехаником в своем родном колхозе. В июне 1941 года был вновь призван в армию Кабанским райвоенкоматом. На базе Челябинского танкового училища прошел подготовку. В действующей армии с февраля 1942 года.
Боевой путь начал на Юго-Западном фронте механиком-водителем танка Т34. В бою 22 июля 1943 года был тяжело ранен и отправлен в госпиталь. С ноября 1944 года воевал на 2м Белорусском фронте командиром тяжелого танка ИС2. Был дважды ранен, награжден медалью «За боевые заслуги».
Особо отличился в боях в марте 1945 года на территории Польши. Только за первые два с половиной месяца 1945 года танк под командованием гвардии старшины Федотова уничтожил 6 немецких танков и самоходных орудий, 11 артиллерийских орудий, 2 минометные батареи, 3 бронетранспортера, несколько автомашин и до 100 фашистов.
В бою на подступах к городу Данциг (Гданьск, Польша) 27 марта танк гвардии старшины Федотова, поддерживая наступающую пехоту, вступил в бой с тремя самоходными орудиями «фердинанд». Федотов выбросил дымовую шашку и, быстро сменив позицию, открыл огонь по самоходкам. В результате скоротечного боя две самоходки были подбиты, но и танк Федотова тоже получил попадание. Из экипажа остались в живых только заряжающий и сам командир, получивший ранение. Ведя огонь из подбитой машины, танкисты вдвоем подбили бронетранспортер. Когда кончились боеприпасы, Федотов сел за рычаги боевой машины и направил ее на вражеские позиции. Второй член экипажа в это время забрасывал врага гранатами через открытый люк. Гусеницами танка был раздавлена минометная батарея. Следовавшая за танками пехота без потерь беспрепятственно заняла первую траншею немецкой обороны.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 29 июня 1945 года за образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецко-фашистскими захватчиками и проявленные при этом мужество и героизм гвардии старшине Федотову Михаилу Алексеевичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».
После войны был демобилизован. Первое время жил и работал в городе Бологое Калининской - Тверской области. В 1949 году переехал в город Южно-Сахалинск, работал механиком в пригородном совхозе. В 1966 году ушел на заслуженный отдых.
Скончался 27 октября 1986 года. Похоронен на новом городском кладбище города Южно-Сахалинск. На могиле установлен бюст.
Награжден орденами Ленина, Отечественной войны 1й степени, Красной Звезды, орденом Славы и медалями.
В городе Южно-Сахалинск в 1988 году заводу «Стройматериалы» было присвоено имя Героя Советского Союза Михаила Алексеевича Федотова. Правда в 1990-е годы слова «Герой Советского Союза» почему-то исчезли из заводского паспорта, и он стал просто заводом имени Федотова.