Елена Филатова родилась 5 сентября 1972 года. После школы отучилась на техника-программиста в Московском электротехническом техникуме. Потом получила высшее образование в Институте Бизнеса и Права по специальности «Управление предприятием».

В течение многих лет занимала различные руководящие должности в телерадиокомпаниях «Звезда» и «Московия». Выступала исполнительным продюсером в организации прямых трансляций для Первого канала и ВГТРК, а также была исполнительным директором ряда документальных фильмов и шоу для федеральных телеканалов.

В 2014 году стала исполнительным директором ООО «ДиджитаЛаб». Компания является лидером на рынке технологических услуг для телевещателей на территории России и СНГ.

С 2018 года занимала должность генерального директора ООО «Пайк Медиа Лаб», специализирующегося на телевизионном производстве и создании медиасервисов.

В мае 2020 года Елена Филатова была назначена главой ФГБУК «Государственный фонд кинофильмов Российской Федерации». На этом посту она сменили Николая Малакова. Госфильмофонд России – это основной киноархив страны, в фондах которого хранится более миллиона отечественных и зарубежных фильмов, а также огромный архив бумажных документов.