Юрий Филипенко родился 15 октября 1960 года в селе Глинищево, Брянская область. В 1983 году, успешно окончил Брянский технологический институт. Трудовую деятельность, молодой специалист начал непосредственно по окончании ВУЗа, с должности инженера по эксплуатации автотранспорта Брянского областного производственного объединения «Сельхозхимия».
Далее, с мая 1987 по ноябрь 1992 года, Филипенко занимал различные должности в Брянском газотехническом центре управления газового надзора в Российской Федерации.
С ноября 1992 года, Юрий Валентинович замещал должность инженера 1 категории Брянского газотехнического центра газового надзора РАО «Газпром».
Затем, в сентябре 2000 года, занял должность инженера Брянского районного управления Открытого Акционерного Общества МН «Дружба».
С октября 2014 года, опытный руководитель являлся начальником управления имущественных отношений Брянской области.
Впоследствии, в декабре 2015 года, Филипенко Юрий Валентинович утвержден в должности заместителя Губернатора Брянской области. Так же, занимает пост заместителя председателя Правительства, руководителя администрации Губернатора и Правительства Брянской области.
Отмечен государственными наградами и знаками отличия. Лауреат различных премий.