С 1975 по 1995 года занимал должности Начальник технического бюро, Начальника цеха, Начальника механосборочного производства, Директора механосборочного производства и Директора направления в Ростовском вертолетном производственном объединении.

В 1996 году Михаила Флека назначили заместителем Генерального директора Публичного Акционерного Общества «Роствертол». Занимал пост до 2014 года.

С 2002 по 2015 года, по совместительству, являлся заместителем заведующего кафедрой авиастроения в ДГТУ. Затем стал исполняющим обязанности заведующего кафедрой, получил научное звание профессора.

В 2009 году успешно защитил диссертация на соискание ученой степени доктора технических наук на тему: «Разработка научных методов создания технологии высокоэффективной многокоординатной автоматизированной обработки с синергетическим управлением формообразующими движениями».

С 2014 года является заместителем управляющего директора ПАО «Роствертол».