Хосе Франсиско Морасан Кесада родился 3 октября 1792 года в городе Тегусигальпа, Гондурас. Получил юридическое образование. В 1821 году поступил служить в армию в чине лейтенанта, в ноябре этого года участвовал в провозглашении в городе Комаягуа независимости Гондураса от Мексиканской империи. Позднее 11 декабря 1825 года в числе других утверждает первую конституцию Гондураса.
В 1824 году Морасан назначен Генеральным секретарем правительства Гондураса, а в 1826 году избран председателем Палаты представителей страны. Являлся лидером Либеральной партии Гондураса. В 1827 году, после консервативного государственного переворота, уволен в отставку, а затем арестован.
Будучи затем на свободе, Франсиско Морасан бежал в Сальвадор, а оттуда в Никарагуа, где сформировал армию из своих сторонников-либералов. Двинувшись с нею в Гондурас, 11 ноября близ Сабанагранде разгромил войска правившего в Гондурасе генерала-консерватора Хосе Хусто Мильи. На следующий день войска вошли в Тегусигальпу, а 26 ноября - в Комаягу и 27 ноября провозглашен президентом Гондураса.
С 1828 по 1829 год Морасан разбил армии своих противников - консерваторов в Сальвадоре и Гватемале, став командующим «союзной армией» Центральной Америки. Как председатель Либеральной партии, 4 декабря вновь избран президентом Гондураса. В июле 1830 года стал президентом Федеративной Республики Центральной Америки, через три недели передал президентство в Гондурасе Хосе Сантосу дель Валье, а сам перебирался в Гватемалу, чтобы возглавить всю Центральную Америку.
Прогрессивные реформы Франсиско Морасана встречают сопротивление католической церкви и консервативных сил. Участились восстания, поднимаемые консерваторами - особенно в Гватемале и в Сальвадоре, которые подавлены военной силой. В 1835 году вновь избран президентом Центральноамериканской федерации.
В 1837 году началось новое, сильное восстание в Гватемале, вызванное борьбой либерального правительства с привилегиями католической церкви, а также эпидемией холеры, и возглавленное бывшим свинопасом Рафаэлем Каррерой. Несмотря на то, что мятежники в 1838 году разбиты Морасаном, из Федерации вышли Гондурас и Коста-Рика, где к власти пришли консерваторы. Затем их примеру последовали Никарагуа и большая часть Гватемалы.
В 1839 году Франсиско Морасан избран президентом Сальвадора, последнего оплота либерализма в Центральной Америке. Его отряды 18 марта 1840 года, в результате молниеносного броска, заняли город Гватемалу и всей Центральноамериканской федерации, однако удержать ее не смогли и 21 марта выбиты оттуда превосходящими силами генерала-консерватора Карреры.
В апреле Морасан подал в отставку со всех постов и ушел в изгнание сначала в Колумбию, а затем в Чили и Перу. В 1841 году вернулся с группой сторонников морем из Эквадора в Центральную Америку. Высадился в Коста-Рике и 10 июля 1842 года провозгласил ее президентом Коста-Рики. Однако уже 14 сентября свергнут и осужден.
На следующий день, 15 сентября 1842 года Хосе Франсиско Морасан Кесада расстрелян на центральной площади Сан-Хосе.