Франциск Смуглевич родился 6 октября 1745 года в Варшаве. Его первым учителем был отец художник Лукаш Смуглевич. С 1763 по 1764 годы Франциск учится в Риме у Антонио Марона. А с 1765 года - в римской Академии художеств Святого Луки как стипендиат короля Станислава Августа.
После обучения Смуглевич возвращается в Варшаву. Здесь он создает частную школу живописи. Он также основал кафедру живописи в Главной виленской школе, которая была преобразована в императорский Виленский университет. В 1802 году вместе с братом Антонием Смуглевичем декорировал зал заседаний в Главной виленской школе, ныне Зал Смуглявичюса Вильнюсского университета. В 1800–1801 годах Смуглевич жил и работал в Санкт-Петербурге, где оформлял интерьеры Михайловского замка.
Благодаря многочисленным репродукциям, широко известны акварели Смуглевича, зафиксировавшие ворота виленской городской стены и развалины королевского замка в Вильне.
Умер известный художник Франциск Смуглевич 18 сентября 1807 года в Вильне.