Юрий Гусев родился 30 октября 1953 года в городе Ртищево, Саратовская область. Окончив в 1976 году общеэкономический факультет Новосибирского института народного хозяйства, работал инженером, старшим инженером научно-исследовательского сектора того же института, с 1980 года - ведущим инженером ВПТИ «Монтажспецстрой».
В 1983 году окончил аспирантуру Ленинградского финансово-экономического института, затем преподавал в Новосибирском институте народного хозяйства. В 1992 году окончил докторантуру Санкт-Петербургского государственного университета экономики и финансов. С 1993 года - декан факультета управления производством Новосибирского института народного хозяйства, с 1994 года - проректор по методической работе, с 1996 года - первый проректор. В 1998-2013 годы - ректор Новосибирского государственного университета экономики и управления.
В период руководства Ю.В.Гусева был построен пятый корпус, введен в эксплуатацию бассейн «Водолей».
В 1983 году защитил кандидатскую, в 1993 - докторскую диссертацию. Автор более 80 научных работ, в том числе 7 монографий. Подготовил шесть кандидатов и трех докторов наук.