Иоанн Креста родился 24 июня 1542 года в городе Онтиверос, Испания. Он происходил из знатной, но обедневшей дворянской семьи. Образование он получал в иезуитской школе в городке Медина дель Кампо. Будучи юношей, ухаживал в госпитале за больными.
В 1568 году Иоанн вступил в орден кармелитов. Богословское образование получил в Саламанке. В монашестве принял имя Иоанн Креста. Вскоре он стал одним из основателей реформированного кармелитского монастыря Дуруэло.
Иоанн стал сторонником реформ, инициированных святой Терезой Авильской, целью которых был возврат к первоначальным идеалам кармелитов - строгости и аскетичности. Но его деятельность многим в монастыре пришлась не по вкусу.
По клеветническим доносам Иоанн трижды привлекался к суду и много месяцев провел в тюрьме. Именно во время заключения он начал писать свои прекрасные стихи и прозаические трактаты - «Восхождение на гору Кармель», «Тёмная ночь души», «Песнь духа», «Живое пламя любви».
Скончался Иоанн Креста в Убеде 14 декабря 1591 года.
В 1726 году он был канонизирован папой Бенедиктом XIII. А в 1926 году папа Пий XI объявил его Учителем Церкви. День памяти св. Иоанна Креста в Католической Церкви - 14 декабря.