Михаил Исаев родился 26 января 1974 года в городе Саратов. После школы четыре года учился в Саратовском монтажном техникуме, который окончил по специальности «Технология сварочного производства» с присвоением квалификации «Техник-технолог». С 1993 года подрабатывал охранником в ТОО «Нельсон». В 1999 году окончил Московский государственный университет коммерции по специальности «Коммерция» с присвоением квалификации «Коммерсант».
С октября 1994 по август 2007 года занимал различные должности: детектива, старшего инспектора, помощника генерального директора, директора по капитальному строительству, заместителя генерального директора Саратовского подшипникового завода. С марта 2006 по декабрь 2007 года являлся депутатом Саратовской городской Думы третьего созыва. В декабре 2007 года избран депутатом Саратовской областной Думы четвертого созыва. В 2010 году окончил Саратовскую государственную академию права.
В декабре 2011 года Михаил Исаев избран депутатом Государственной Думы Федерального Собрания России VI созыва. Через год утвержден в должности Представителя в Совете Федерации Федерального Собрания РФ от законодательного органа государственной власти Саратовской области. В течении четырех лет являлся сенатором.
На выборах 18 сентября 2016 года Исаев вновь избран Депутатом Государственной Думы VII созыва от избирательного округа 0165, Балашовский - Саратовская область. Являлся членом фракции «Единая Россия» и членом комитета Государственной Думы по жилищной политике и жилищно-коммунальному хозяйству. Дата начала полномочий с 18 сентября 2016 года.
В сентябре 2017 года мэр города Саратов Валерий Сараев подал в отставку и исполнение обязанностей главы города возложено на заместителя главы администрации Саратова по городскому хозяйству Сергея Пилипенко. В связи с этим принято решение о назначении Исаева заместителем главы администрации Саратова по благоустройству.
Затем, Михаил Александрович занял пост исполняющего полномочия главы муниципального образования «Город Саратов». К своим новым обязанностям приступил 9 октября 2017 года, а 11 октября 2017 года Государственная Дума досрочно прекратила полномочия Исаева в связи с его назначением. Официально избран на должность Главы муниципального образования «Город Саратов» 10 ноября 2017 года.
Женат, воспитывает четверых детей.