Наиля Исхакова родилась в городе Оренбург, Оренбургская область. Училась в Оренбургском государственном аграрном университете, который успешно окончила в 1996 году по специальности «Экономика и управление аграрным производством». Позднее в должности доцента стала преподавать курс «Экономическая безопасность».
Трудовая деятельность Наили Бисингалеевны связана с Министерством труда и занятости населения. Занимала должность первого заместителя министра труда и занятости населения Оренбургской области.
После ухода на пенсию министра труда и занятости населения Вячеслава Кузьмина 27 ноября 2018 года Наиля Исхакова заняла пост временно исполняющей обязанности министра.
Губернатор Оренбургской области Денис Паслер 6 ноября 2019 года назначил Наилю Бисингалеевну на должность министра труда и занятости населения Оренбургской области.