Зинфер Исмагилов родился 15 октября 1947 года в деревне Байгильдино, Башкоркостан. В 1969 году окончил Новосибирский государственный университет, специальность - «химия». В 1973 году - защитил кандидатскую диссертацию.

В 1978-1979 годах - работал по приглашению в университете Райса. С 1977 года по 1989 годы - преподаватель, доцент кафедры физической химии Новосибирского государственного университета. С 1979 года по 1982 годы - первый заместитель декана факультета естественных наук Новосибирского государственного университета.

В 1983 году стал заведующим лабораторией в Институте катализа имени Г.К.Борескова СО РАН. В 1988 году - защитил докторскую диссертацию. С 1988 года по 1992 годы - заместитель генерального директора Межотраслевого научно-технического комплекса «Катализатор».

В 1991 году ему присвоено ученое звание профессора. 1992 год - приглашенный профессор в Университете Луи Пастера. С 2010 года - директор Института углехимии и химического материаловедения СО РАН.

В 2001 году - избран членом-корреспондентом РАН от Отделения химии и наук о материалах. C 2012 года - профессор Кузбасского Государственного Технического Университета, заведующий кафедрой углехимии, пластмасс и инженерной защиты окружающей среды.

Научые труды посвящены исследованию гетерогенного катализа, нефте‑ и углехимии, химии углеродных материалов, функциональных наноматериалов и промышленной экологии.

Разработал технологии производства сферических носителей и керамических блочных катализаторов для обезвреживания токсичных выбросов предприятий, процесс одностадийного окисления сероводорода в элементную серу, технология утилизации радиоактивных отходов, научые основы синтеза углеродных нановолокон, нанотрубок, структурно модифицированных атомами азота, и другие.

Открыл явление термоактивации оксидов урана в виде рентгеноаморфных наноразмерных структур. Под его руководством организовано промышленное производство экологически чистых каталитических каминов «Термокат» и промышленных воздухонагревателей марки КТГ.

Соавтор более 800 научных публикаций и более 140 авторских свидетельств и патентов на изобретение, в том числе 10 патентов в западных странах.