Иван Краячич родился 29 августа 1906 года в селе Поляне, Хорватия. Не имея средств на учебу, в 1925 году пошел работать на шахту Лешляни. Во время работы в шахте присоединился к молодежному рабочему движению. В 1927 году начал военную службу, служил в Главной мотоколонне в Белграде. За чтение оппозиционной прессы и распространение коммунистических идей среди солдат неоднократно подвергался дисциплинарным взысканиям.
В 1928 году, после окончания военной службы, Краячич переехал в Загреб, где начал работать на Югославской железной дороге. В том же году познакомился с Иосипом Броз Тито. В 1931 году принят в Союз коммунистической молодежи Югославии. В начале 1933 года арестован, но через двадцать дней отпущен за недостаточностью улик. Благодаря стойкости, проявленной в полиции, сразу после освобождения его приняли в Коммунистическую партию Югославии. Тогда же получил прозвище Стево, сохранившееся за ним на всю жизнь. В 1934 году стал членом местного комитета компартии в Загребе, а в 1935 году - членом Покраинского комитета компартии по Хорватии.
В 1936 году Иван Краячич отправился учиться в Советском Союзе, но после начала Гражданской войны в Испании отправился туда. Состоял в батальоне «Чапаев» Тринадцатой интернациональной бригады. В конце года у Теруела получил ранение. В республиканской армии имел звание капитана. В 1939 году, после падения Испанской республики, с другими югославскими добровольцами попал во французский лагерь. Оставался в лагере в течение месяца, после чего, благодаря партийной помощи, с чужим паспортом покинул лагерь и вернулся в Югославию. По возвращении в Загреб вернулся к работе на железной дороге и избран в Центральный комитет коммунистической партии Хорватии.
Начало Второй мировой войны Краячич встретил в Загребе, а в июле 1941 года перебрался в Земун, где начал организовывать диверсии, однако по приказу Центрального комитета партии вернулся в Загреб. В 1942 году связался с единомышленниками, которые занимали высокие посты в правительстве, и создал разведывательную сеть, которая в течение войны сообщала ценные сведения штабу Народно-освободительной армии и партизанских отрядов Югославии. Вовлек в Народно-освободительное движение общественных деятелей и деятелей культуры. Назначен командиром 2-й оперативной зоны, помог Иво Лоле Рибару перейти на освобожденную от оккупации территорию, после чего вернулся в Загреб.
Иван Краячич участвовал в Первом и Втором заседаниях Антифашистского вече народного освобождения Югославии и избран в Президиум на Втором заседании. Также на Втором заседании Земельного антифашистского вече народного освобождения Хорватии избран в Президиум, являлся членом Центрального комитета Коммунистической партии Хорватии. В начале сентября 1943 года из соображений безопасности покинул Загреб и прибыл в Оточац, где находился доктор Иван Рибар, президент Антифашистского вече, но именно это местечко подверглось нападению усташей. В результате организовал защиту города, спасая делегацию Земельного антифашистского вече в боях за Сень, и получил тяжелое ранен.
В 1944 году по просьбе ЦК Коммунистической партии Хорватии Краячич прибыл на остров Вис в должности организационного секретаря. На обратном пути самолет, в котором находился вместе с Рэндолфом Черчиллем и советской военной миссией, потерпел катастрофу. Выжил, но получил ранения. Позже его назначили начальником Отделения по защите народа, которую оставил в марте 1946 года, уже после войны.
Впоследствии Иван Краячич отправлен в запас в звании генерал-полковника и назначен министром внутренних дел правительства Народной Республики Хорватия. С 1953 года являлся председателем Исполнительного вече Сабора Народной Республики Хорватия и членом Союзного исполнительного вече. Одновременно с 1959 по 1961 год занимал пост Президента Союза ветеранов Народно-освободительной войны в Хорватии.
В 1963 году Краячич стал председателем Сабора Социалистической Республики Хорватии. Вошел в состав Центрального комитета Союза коммунистов Хорватии и Центрального комитета Союза коммунистов Югославии. Являлся членом Главного комитета Социалистического союза трудового народа Хорватии и Союзного комитета Социалистического союза трудового народа Югославии. В 1968 году подал в отставку и ушел из ЦК Союза коммунистов Хорватии.
Иван Краячич умер 10 сентября 1986 года в Загребе. Похоронен на кладбище Мирогой.
Награжден несколькими югославскими орденами, в том числе 23 июля 1952 года - орденом Народного героя
В 1980 году присвоено звание почетного гражданина Загреба