Сергей Шанченко родился 10 мая 1959 года в селе Муравьевка Тамбовского района Амурской области. В 1981 году окончил Механический факультет Хабаровского политехнического института по специальности «Строительные и дорожные машины».
В 1985 году защитил кандидатскую диссертацию в Ленинградском политехническом институте имени М.И.Калинина, получил ученую степень «кандидат технических наук». В 1986-1993 годах работал преподавателем, старшим преподавателем, доцентом кафедры «Строительные и дорожные машины» Хабаровского политехнического института.
В 1997 году защитил докторскую диссертацию в Санкт-Петербургском государственном техническом университете и получил ученую степень «доктор технических наук». В 1997 году стал заведующим кафедрой «Строительные и дорожные машины» Хабаровского государственного технического университета.
В 1998-2002 годах - проректор ХГТУ по учебной работе.
С 2002 года - ректор Хабаровского государственного технического университета.
Член-корреспондент Академии проблем качества.
Почетный доктор Токийского университета сельского хозяйства и технологий.
Депутат Законодательной думы Хабаровского края.
Указом Президента РФ Д.А.Медведева № 494 от 20 апреля 2010 г. за достигнутые трудовые успехи и многолетнюю плодотворную работу награжден медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени.