Эрнест Ивантер родился 15 ноября 1935 года в городе Москва. В 1955 году окончил охотоведческое отделение Московского пушно-мехового института. В 1958 году окончил с отличием зоотехнический факультет Московской сельскохозяйственной академии имени К.А.Тимирязева, и там же аспирантуру при кафедре зоологии и дарвинизма.
В 1958-1960 годах работал зоологом в заповеднике «Кивач», в 1960-1963 годах - младший научный сотрудник в лаборатории зоологии Института биологии Карельского научного центра РАН. В 1965 году защитил в МСХА кандидатскую диссертацию «Фауна охотничьих животных Карелии, ее реконструкция и использование».
В 1965 году начал работать на кафедре зоологии и дарвинизма Петрозаводского государственного университета. В 1975 году защитил докторскую диссертацию «Популяционная экология мелких млекопитающих таежного Северо-Запада СССР» в Институте экологии растений и животных Уральского отделения АН СССР.
В 1986 году становится заведующим кафедрой зоологии и экологии, в 1987 году избран деканом биологического факультета Петрозаводского государственного университета. С 2000 года - декан эколого-биологического факультета Петрозаводского государственного университета.
Почетный член териологического общества Финляндии и зоологических обществ США, Германии, Польши. Член редколлегии «Зоологического журнала» и журнала «Экология».
Автор более 400 публикаций, в том числе 22 монографий, 12 учебных пособий и учебников, 14 научно-популярных книг о животном мире и природе Русского Севера.