Йохан Вандерплаетсе окончил с отличием юридический факультет Гентского университета. Позднее получил дополнительное образование на факультете европейского права Европейского колледжа в Брюгге. Впоследствии русский язык изучал в Государственном институте русского языка имени А.С. Пушкина в Москве. 

С 1996 по 1998 год Вандерплаетсе работал в инвестиционном фонде Европейского банка реконструкции и развития в Казахстане. Затем в 1999 году начал карьеру в компании Alcatel, пройдя путь от юриста до руководителя компании в России, СНГ, Центральной и Южной Европе.

Впоследствии в октября 2009 года Йохан Вандерплаетсе вступил в должность вице-президента представительства компании Emerson Process Management в СНГ и Турции. Под его руководством Emerson Process Management добилась значительного роста бизнеса в регионе, а также открыла новый крупный завод в Челябинске по выпуску оборудования для автоматизации технологических процессов промышленных предприятий.

Позднее в 2016 году Вандерплаетсе занял пост президента представительства Schneider Electric в России и СНГ. Также является президентом российско-бельгийского бизнес-клуба, вице-президентом бельгийско-люксембургской торговой палаты в России. 

В мае 2018 года члены правления Ассоциации европейского бизнеса избрали Йохана Вандерплаетсе председателем правления Ассоциации.