Сергей Качкин родился 19 июля 1961 года в поселке Цинглок, Республика Марий Эл. В 1985 году окончил Чувашский государственный университет имени Ильи Николаевича Ульянова по специальности «Электроизоляционная и кабельная техника».
Активно занимался служебным собаководством. В 1986 году присвоено звание «мастер спорта СССР по служебному собаководству». В период с 1986 по 1998 годы являлся научным сотрудником 15 центрального научно-исследовательского испытательного института Министерства обороны РФ имени Дмитрия Михайловича Карбышева.
С 2003 по 2013 год Качкин Сергей проходил службу в УМВД Российской Федерации по Дмитровского району. В 2012 году приказом УМВД России по Дмитровского району присвоено квалификационное звание «Мастер».
В 2013 году приказом МВД назначен на должность начальника Федерального казенного учреждения «Центр кинологического обеспечения МВД России».
В 2014 году приказом МВД России Сергею Качкину присвоено звание «полковник полиции».
Награжден медалью «За отличие в службе» II степени. Является Судьей Республиканской категории по служебному собаководству РФ. Судья FCI ранга CACIT по дрессировке собак.
Женат, воспитывает двух сыновей.