Борис Кагарлицкий родился 29 августа 1958 года в городе Москва. Занимался чтением неортодоксальной марксистской литературы, запрещенной в СССР, особенно Герберта Маркузе. С 1977 - левый диссидент, участвовал в издании самиздатовских журналов «Варианты», «Левый поворот». В 1979 году стал кандидатом в члены КПСС.
В 1980 году, после отлично сданного госэкзамена, по доносу Асафа Фараджева и Андрея Караулова был допрошен в КГБ и исключен из ГИТИСа и кандидатов в члены партии «за антиобщественную деятельность». Работал почтальоном.
В апреле 1982 года арестован по «Делу молодых социалистов» и год с небольшим провел в Лефортовской тюрьме по обвинению в антисоветской пропаганде. В апреле 1983 года был освобожден в порядке помилования. С 1983 по 1988 год Борис Кагарлицкий работал лифтером, писал книги и статьи, публиковавшиеся на Западе, а с началом перестройки и в СССР. В 1988 году восстановлен в ГИТИСе и окончил его. В том же году его книга «Мыслящий тростник», вышедшая по-английски в Лондоне, получила в Великобритании Дойчеровскую мемориальную премию. С 1989 по 1991 год был обозревателем агентства ИМА-пресс.
С 1992 по 1994 год работал обозревателем газеты Московской федерации профсоюзов «Солидарность». С марта 1993 по 1994 год являлся экспертом Федерации независимых профсоюзов России. С 1994 по 2002 год Б. Кагарлицкий работает старшим научным сотрудником Института сравнительной политологии РАН, где защитил кандидатскую диссертацию. В апреле 2002 года стал директором Института проблем глобализации, после его разделения в 2006 году возглавил Институт глобализации и социальных движений. Председатель редакционного совета журнала «Левая политика». Параллельно вел активную журналистскую работу в ряде изданий - «The Moscow Times», «Новая газета», «Век», «Взгляд.ру», а также читал лекции в университетах России и США. Член научного сообщества Транснационального института с 2000 года.
Осенью 1986 года вместе с Григорием Пельманом и Глебом Павловским создал Клуб социальных инициатив, одну из первых «неформальных», то есть неподконтрольных КПСС, организаций. В августе 1987 года участвовал в организации первой конференции неформалов «Общественные инициативы в перестройке». Тогда же вместе с лидерами клуба «Община» Андреем Исаевым и Александром Шубиным создает Федерацию социалистических общественных клубов. В сентябре 1987 года совместно с Александром Гришиным начал издавать самиздатский журнал «Свидетель». Вскоре группа членов КСИ, придерживавшихся твердой социалистической ориентации, создают клуб «Социалистическая инициатива», лидерами которого стали Борис Кагарлицкий и Михаил Малютин.
Летом 1988 года Борис Юльевич становится одним из лидеров создающегося Московского народного фронта, где вместе с Малютиным вел борьбу за социалистическую ориентацию новой организации. В январе 1989 года МНФ предпринял попытку выдвинуть Кагарлицкого в народные депутаты СССР, но неудачно. Летом-осенью 1989 года в связи с ослаблением влияния социалистического крыла МНФ Кагарлицкий создает Московский комитет новых социалистов, постепенно отходя от участия в деятельности фронта. В конце 1989 года создал Всероссийский комитет за Социалистическую партию.
В начале 1990 года вошел в блок кандидатов в народные депутаты «Демократическая Россия» и в марте был избран депутатом Моссовета. Один из авторов предвыборной программы «Город для горожан», которую поддержало около ста кандидатов в депутаты Моссовета от блока «ДемРоссия». В Моссовете открыто выступил против Гавриила Попова. Уже летом 1990 года вышел из «ДемРоссии», создав депутатскую группу «Московские левые». В июне 1990 года участвует в создании Социалистической партии и избирается в ее исполком. Летом-осенью того же года участвовал в попытке организации левого блока «Народное самоуправление», который должен был противостоять как консерваторам из КПСС, так и демократам из «ДемРоссии». Весной 1991 года участвовал в попытке выдвинуть Татьяну Корягину в мэры Москвы от левых, но неудачно. В августе 1991 года вошел в число инициаторов создания Партии труда. В январе 1992 года Кагарлицкий становится членом Совета Московской городской организации ПТ, а в октябре членом Совета и исполкома партии.
В 1993 году, разочарованный тем как идет становление Партии труда, пытается договориться об объединении с Социалистической партией трудящихся. После того, как президент Ельцин подписал указ о роспуске Верховного Совета, выступил против незаконных действий главы государства. В октябре 1993 года был задержан «вооруженными людьми в милицейской форме и в гражданском» вместе с депутатом Моссовета Владимиром Кондратовым и пресс-секретарем ФНПР Александром Сегалом якобы по подозрению в угоне автомобиля и избит, освобожден на следующий день благодаря члену Президентского совета Сергею Караганову и журналистам.
В 1994-1995 годах, во многом из-за конфликта с руководством ФНПР, Партия труда фактически прекратила свое существование, хотя и формально не была распущена. Осенью 1997 года баллотировался в Московскую городскую думу от Блока Николая Гончара, но проиграл выборы. После этого Кагарлицкий отошел от активного участия в политике, занимаясь преимущественно научными исследованиями, политической публицистикой и преподаванием.
В начале 2000 года принял участие в организации «Союза-2000», который планировал участвовать в выборах в парламент Союза России и Белоруссии, в итоге не состоявшихся. Во время выборов Президента Российской Федерации призывал к бойкоту первого тура выборов и к голосованию «против всех» - во втором.
В 2005 году участвовал в создании Левого фронта. Вскоре Московский Совет ЛФ раскололся на «умеренных», выступавших за сотрудничество с КПРФ, и «радикалов», настроенных против союза с партией Зюганова. Борис Юльевич Кагарлицкий, примкнув к последним, покинул Совет и вошел в Организационное совещание. Позднее он разочаровался в Левом фронте.
Книги
1988 - Диалектика надежды
The Thinking Reed: Intellectuals and the Soviet State, 1917 to the Present. - London: Verso, 1989.
1992 - Расколовшийся монолит. Россия накануне новых битв
2000 - Реставрация в России
2002 - Глобализация и левые
Кагарлицкий Б.Ю. Восстание среднего класса. - М.: Ультра.Культура, 2003. - 320 с. - (Klassenkampf).
2004 - Периферийная империя: Россия и миросистема
2005 - Марксизм: не рекомендовано для обучения - М.: Алгоритм, Эксмо (Философский бестселлер)
Кагарлицкий Б.Ю. Управляемая демократия: Россия, которую нам навязали. - Екатеринбург: Ультра.Культура, 2005. - 576 с. - (Klassenkampf).
Кагарлицкий Б. Ю. Политология революции. - М.: Алгоритм, 2007. - 576 с. - (Левый марш).
Кагарлицкий Б. Ю. Периферийная империя: циклы русской истории. - М.: Эксмо, 2009. - (Политический бестселлер).
Кагарлицкий Б. Ю. От империй - к империализму. - М.: Издательский дом Высшей школы экономики, 2010. - (Политическая теория).
Кагарлицкий Б. Ю. Неолиберализм и революция. - М.: Полиграф, 2013.
Кагарлицкий Б. Ю. Между классом и дискурсом. Левые интеллектуалы на страже капитализма. - М.: Издательский дом Высшей школы экономики, 2017. - (Политическая теория).
Энциклопедия для детей
Дамье В. В., Кагарлицкий Б. Ю., Боярский М. Н. Государственный социализм // Энциклопедия для детей. Т. 21. Ч. 1. Общество: экономика и политика. М.: «Аванта+», 2002.
Кагарлицкий Б. Ю. Успехи социал-демократии // Энциклопедия для детей. Т. 21. Ч. 1. Общество: экономика и политика. М.: «Аванта+», 2002.
Кагарлицкий Б. Ю. Социал-демократия за пределами Западной Европы // Энциклопедия для детей. Т. 21. Ч. 1. Общество: экономика и политика. М.: «Аванта+», 2002.