Гурген Карапетян родился 9 декабря 1936 года в городе Екатеринбург. В 1961 году окончил Московский авиационный институт. Одновременно с обучением занимался планерным и вертолетным спортом в аэроклубе МАИ и Центральном аэроклубе имени Валерия Павловича Чкалова. Являлся чемпионом СССР по вертолетному спорту.
В 1961 году, Карапетян работал ведущим инженером на летно-испытательной станции ОКБ Миля. В 1962 году, получил дополнительное образование, успешно окончив вертолетное отделение Школы летчиков-испытателей. В том же году Гурген Рубенович перешел на должность летчика-испытателя.
В период с 1974 по 1993 год занимал должность старшего летчика-испытателя ОКБ имени Миля. Поднял в небо и провел испытания вертолетов Ми-26 и Ми-28. Так же, Гургеном Рубеновичем проведены испытания вертолетов Ми-14, Ми-24, Ми-26 и Ми-28 в режиме авторотации, посадки без двигателя. Участвовал в испытаниях вертолетов Ми-1, Ми-2, Ми-4, Ми-6, Ми-8, Ми-10 и их модификаций.
В сентябре 1974 года, Карапетян на вертолете Ми-14 выполнил первую посадку на режиме авторотации в море. В мае 1993 года, впервые в стране выполнил на боевом вертолете Ми-28А петлю Нестерова. В апреле 1980 года, проводил обучения военных летчиков полетам на вертолете Ми-24 в условиях высокогорья, в Афганистане. В мае 1986 года, Гурген Карапетян, на вертолете Ми-26 участвовал в ликвидации последствий аварии на Чернобыльской атомной электростанции. Установил 9 мировых авиационных рекордов, из них 7 - вторым пилотом на различных вертолетах.
За мужество и героизм, проявленные при испытании новой авиационной техники, Указом Президента СССР от 24 января 1991 года Карапетяну Гургену Рубеновичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».
Работал на Московском вертолетном заводе имени Миля заместителем генерального директора по стратегическому развитию. Позднее назначен начальником службы безопасности полетов холдинга «Вертолеты России».
Заслуженный летчик-испытатель СССР. Старший лейтенант запаса. Имеет государственные награды и знаки отличия.