Елена Казакова получила высшее образование в Российском государственном педагогическом университете имени А.И. Герцена в городе Санкт-Петербург, по специальности учитель математики. Окончив ВУЗ работала в школе. Где прошла путь от учителя математики до директора школы. Впоследствии стала специалистом по проблемам «Педагогики успеха».
Диссертацию на соискание ученой степени доктора педагогических наук успешно защитила в 1995 году на тему: «Теоретические основы развития общеобразовательной школы. Системно-ориентационный подход». Ранее защитила диссертацию на тему: «Формирование этнокультурной идентичности подростков в учреждениях дополнительного образования».
С 1998 года преподает в Санкт-Петербургском государственном университете. Является руководителем программ «Межкультурное образование» и «Образовательный менеджмент».
Елена Ивановна является профессором Санкт-Петербургского государственного университета. Научный руководитель проекта «Школьная лига Роснано». Научный руководитель Президентской программы подготовки кадров «Управление образованием как ресурсом инновационного развития». Заведует кафедрой непрерывного филологического образования и образовательного менеджмента Санкт-Петербургского государственного университета. Автор более 100 работ. Член-корреспондент Российской академии образования.
Казакова сотрудничала с проектами в области толерантности, реализованными в образовательных учреждениях России при организационной поддержке Северо-Западного агентства международных программ. Автор более 100 работ, в том числе учебного пособия для старшеклассников «Толерантность - путь к развитию».
Елена Казакова награждена почетным знаком «За гуманизацию Петербургской школы».