Юрий Хабардин родился в 1926 году в городе Киренск, Иркутская области. Являлся потомственным геологом. В 1946 году окончил курсы коллекторов. Позднее получил дополнительное образование на заочном отделении геологического факультета Иркутского государственного университета.
Хабардин работал прорабом в геологических экспедициях. В июне 1955 году обнаружил первое в Восточной Сибири промышленное месторождение алмазов - трубку «Мир». По собственным рассказам, кусок алмазосодержащего минерала нашел в лисьей норе.
В 1957 году Юрий Иванович стал лауреатом Ленинской премии. В том же году награжден орденом Ленина. Является автором книги «Путь к алмазной трубке».
Умер Юрий Иванович Хабардин в 1990 году в возрасте шестидесяти четырех лет.