Рафаиль Хакимов родился 12 февраля 1947 в городе Казань, Республика Татарстан. В 1971 году окончил физический факультет Казанского государственного университета.
В 1971-1973 годы - старший инженер проектного бюро Таттрансуправления. В 1973-1981 годы - ассистент, заместитель заведующего кафедрой Казанского государственного университета.
В 1981-1989 годы - заведующий кафедрой философии, проректор по научной работе Казанского института культуры.
В 1985 году защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата философских наук по теме «Методологические проблемы исследования сущности и социальной роли управленческих отношений».
В 1989-1991 годы - заместитель заведующего идеологическим отделом областного комитета КПСС, заместитель председателя идеологической комиссии республиканского комитета КПСС.
В 1991 - март 2008 года - государственный советник при Президенте Республики Татарстан по политическим вопросам.
В 2009 году в Казанском государственном университете защитил диссертацию на соискание ученой степени доктора исторических наук по теме «Развитие российского федерализма в условиях социально-политической трансформации конца ХХ - начала XXI веков».
С 2011 года - академик и вице-президент Академии наук Республики Татарстан, директор Института истории имени Ш.Марджани АН РТ, депутат Государственного совета Республики Татарстан четвертого созыва.
Директор научных программ Казанского центра федерализма и публичной политики. Руководитель отделения Всероссийского общества охраны памятников истории и культуры в Республике Татарстан.
Член Экспертного совета Комитета по защите прав человека в Республике Татарстан. Вице-президент Татарстанского ПЕН-центра.
Был шеф-редактором журнала «Панорама-Форум», преобразованного в журнал «Казанский федералист», где стал главным редактором.