Халифа ибн Зайд Аль Нахайян родился 25 января 1948 года в городе Аль-Айн, Объединенных Арабских Эмиратов. Старший сын прежнего Президента Шейха Зайд ибн Султан Аль Нахайяна. В 19 лет назначен наследным Принцем самого крупного эмирата Абу-Даби. Правил им до избрания Президентом ОАЭ.
С 1967 года Халифа возглавлял Высший совет ОАЭ по делам нефти. Руководит «Фондом развития Абу-Даби», ADFD, и суверенным фондом Абу-Даби, ADIA.
В 1971 году шейх Халифа занял должности Премьер-министра, Министра обороны и Министра финансов эмирата Абу-Даби. Через два года, 23 декабря 1973 года, стал вторым заместителем Премьер-министра Объединенных Арабских Эмиратов, 20 января 1974 года Председателем Исполнительного совета эмирата Абу-Даби.
В мае 1976 года назначен заместителем Командующего Вооруженными силами Государства.
С 1980 года возглавлял Верховный совет по нефтяной промышленности. Руководил экологическими исследованиями и способствовал развитию агентства дикой природы, ERWDA.
В 2004 году 3 ноября, после смерти отца, стал вторым Президентом Объединенных Арабских Эмиратов. Политику его правления ориентирована на проведение реформ. В апреле следующего года указом произвел повышение заработной платы на 100 % для всех работников Государства.
Самое высокое строение в мире в день открытия 4 января 2010 года назвали в честь Президента ОАЭ «Бурдж Халифа».
В 2011 году отправил подразделения Военно-воздушных и Военно-морских сил для поддержки действий международной коалиции против полковника Муаммара Каддафи.
В январе 2014 года Халифа ибн Зайд Аль Нахайян перенес инсульт, в связи с чем шейха прооперировали.
Халифа Нахайян награжден орденами: «Золотого орла», «Достык» I степени Республики Казахстан; «Звезды Палестины» Палестинской национальной администрации; орденом первого Президента Туркменистана Сапармурата Туркменбаши Великого.