Михаил Ходоровский родился 13 декабря 1952 года в городе Челябинск. В 1975 году окончил металлургический факультет Челябинского политехнического института. Доктор экономических наук, профессор.
После окончания института поступил в аспирантуру инженерно-экономического факультета Уральского политехнического института имени С.М.Кирова в Свердловске. С 1981 года - доцент, с июня 1992 года - профессор кафедры экономики и организации предприятий черной металлургии УПИ. С сентября 1994 года заведует созданной по его инициативе кафедрой «Банковское дело» УрФУ.
В июне 1996 года начал работать в СКБ-банке - одном из трех крупнейших банков Свердловской области. Занимал должности начальника планово-аналитического отдела, начальника операционного управления, заместителя председателя правления банка. В декабре 2000 года возглавил банк.
С 2006 года до 2016 года - председатель совета директоров СКБ-банка, в настоящее время - член совета директоров. С 2008 года - зам. председателя совета Ассоциации региональных банков России.
В ноябре 2008 года назначен генеральным директором Группы Синара - холдинга, объединяющего активы предпринимателя Д.А.Пумпянского, не связанные с трубной промышленностью, в частности СКБ-банк, а также холдинг Синара-Транспортные Машины, холдинг Синара-Девелопмент, компания ЧерметСервис-Снабжение, Архыз-Синара, Уральские локомотивы и др. Прежний генеральный директор группы А.Г.Ширяев возглавил Трубную металлургическую компанию.