Фундаментальный труд «Записки о всемирной истории» (Семирамида) остался незавершённым, однако сохранились журнальные статьи. Вещественный мир представлялся Хомякову лишь внешним выражением свободно творящего Духа (Бога), а материальные факторы общественного развития — его внешними проявлениями. История — процесс постепенного проявления полноты духа в общественной жизни человечества. Каждый народ в своем развитии выражает ту или иную сторону абсолюта. Соответственно, история народа представляла собой процесс проявления в его общественной жизни некой изначально присущей ему первичной идеи. Каждый народ обладал своей особой субстанцией, «началом».

В основе философии А. С. Хомякова лежал провиденциализм. Историческое развитие каждого народа предопределялось абсолютом. Однако в своём развитии народ в силу тех или иных причин может отклониться от него и не выполнить возложенной на него «миссии».

Понимание славянофилами (в том числе А. С. Хомяковым) процесса исторического развития того или иного народа как постепенного проявления его «начала» имело два неоспоримых преимущества. Во-первых, подобный подход подразумевал стремление понять смысл истории народа. Во-вторых, заставлял обратить особое внимание на специфику народной жизни (именно славянофилы первыми обратили серьёзное внимание на такое фундаментальное явление русской действительности, как сельская община).

Одной из заслуг Хомякова является обоснование им принципа соборности, которое появляется в полемике с иезуитом Гагариным. Прилагательное «соборный» является характеристикой Церкви и переводом греческого слова кафолический из Символа Веры. Хомяков настаивает, что нельзя в соборности (равно как и в кафоличности) видеть вселенскость в смысле всемирности, ибо Церковь была соборной с самого начала до своего распространения среди народов. Принцип соборности — это «единство во множестве».

В отношении Церкви Хомяков признавал её разделение на видимую и невидимую, ветхозаветную и новозаветную. Свои взгляды он формулировал в полемике с папистами и протестантами, доказывая, что церковь не государство и не собрание верующих, но «единство Божьей благодати». При этом церковь существует «с сотворения мира», а Ной и Авраам были родоначальниками «ветхозаветной Церкви». Хомяков принимает учение о семи таинствах, но отвергает католическую добавку Филиокве.

В том же трактате («Церковь одна») он характеризует католическую церковь как принявшую «восьмое таинство»: «Те, которые приняли за веру истинную — мертвую веру, то есть ложную, или внешнее знание, дошли в своем заблуждении до того, что из сей мертвой веры, сами того не зная, сделали восьмое таинство». В Православии, по мнению Хомякова, именно Церковь обладает живой верой, поскольку она же обладает и святостью. В католицизме вопрос веры и святости сводится к папе: «Когда же один человек, или один епископ, имеет непременно веру, что должны мы сказать? Имеет ли он святость? Нет, ибо он ославлен преступлением и развратом. (…) и чрез сие таинство какая же вера в нём пребывает? Живая? Нет, ибо он преступник; но вера мертвая, то есть внешнее знание, доступное даже бесам».

А. С. Хомяков заострил внимание на пагубной роли папства, указав «на смешение в лице епископа-государя интересов духовных с мирскими как на главную причину, затрудняющую разрешение религиозного вопроса на западе». Право решения догматических вопросов перешло сначала к областной Церкви, а потом и просто к одному престолу: «государство от мира сего заняло место христианской церкви». Проблема индульгенций определялась в славянофильстве как «утилитарный рационализм», как перенесение на отношения человека с Богом механизма банкирского дома. Хомяков диагностировал и сегрегационную суть католицизма, отмечая, что римская церковь четко подразделяется на князей церкви, мирскую чернь и на ещё более низкую касту греко-униатов. Сближение Православия с Римом стало бы возможным лишь при полном отречении Рима от десятивекового заблуждения и папизма, — пишет он, — но это вряд ли произойдет, ведь для католиков Церковь как раз и состоит в папизме

По Хомякову, залогом спасения является церковное единство верующих Православной (истинной, соборной) Церкви. Им выделяются внутреннее единство — единство духа и внешнее — единство в таинствах, которые не противопоставляются и не отделяются, а сосуществуют друг с другом. Причем первый тип, проявляющийся в достижении внутренней церковной святости, представляет собой сущность веры, в то время как второй тип есть осознанное проявление веры и единства. Хомяков преодолевает католическую (для спасения необходимы дела) и протестантскую (для спасения необходима вера) богословские крайности и тем самым указывает на недопустимость дихотомии как таковой для православного вероучения. «Посему неразумны и те, которые говорят, что вера одна не спасает, но ещё нужны дела, и те, которые говорят, что вера спасает кроме дел».

В браке с Екатериной Михайловной Языковой родилось девять детей:

• Фёдор и Степан умерли в одну ночь от скарлатины в младенчестве.
• Дмитрий Алексеевич (1841—1919) — педагог и церковный деятель.
• Николай Хомяков (1850—1925) — председатель III Государственной думы.
• Мария Алексеевна (1840—1919)
• Екатерина Алексеевна (1843 — неизв.)
• Анна Алексеевна (1844—1877)
• Софья Алексеевна (1846—1902)
• Ольга Алексеевна (1848—1932)

• Полное собрание сочинений в 2-х томах с разбитием на страницы
  • Полное собрание сочинений. Том 1. М.: 3 изд. 1900. — 408 с.
  • Полное собрание сочинений. Том 2. М.: 3 изд. 1886. — 450 с.
• Полное собраніе сочиненій. 8 томов. Москва, 1896—1906.
• Сочинения в 2-х томах («Из истории отечественной философской мысли»). Москва, 1994.
• Хомяков А. С. Всемирная задача России / Составление и комментарии М. М. Панфилова / Отв. ред. О. Платонов. Изд. 2-е — М.: Институт русской цивилизации, Благословение, 2011. — 784 с. ISBN 978-5-902725-71-8
• Хомяков А. С. Стихотворения. — 1888