Хуан Антонио Байона родился в 1975 году в городе Барселона, Испания. Страсть к кино появилась у него еще в детстве, однако специализировался Хуан Антонио сначала все же в журналистике. Позже Байона изучал режиссуру в каталонской киношколе Cinema and Audiovisual School of Catalonia, ESCAC.

    В 1993-м году на испанском кинофестивале Sitges Film Festival Байона познакомился с Гильермо Дель Торо, и известный испанский режиссер пообещал молодому коллеге свою помощь и покровительство в будущем. Окончив киношколу ESCAC Хуан Антонио принялся снимать свое кино - впрочем, начинал он с музыкальных видео и короткометражек. Так, он стал режиссером короткометражных лент «My Holidays» в 1999 и «The Spongeman» в 2002 году.

    В 2004 судьба свела его с еще одним большим испанским кинодеятелем - Серджо Дж.Санчезом, который предложил Байоне снять фильм по его сценарию. Так, в 2007 году вышел триллер «Приют». Примечательно, что, снимая эту картину, Хуан вдвое превысил бюджет, а также время, выделенное на производство фильма. Впрочем, и то, и другое окупилось - фильм стал номинантом на Оскар в категории «Лучший фильм на иностранном языке», а публика Каннского кинофестиваля оценила фильм Байона 10-минутной овацией.

    Вообще, успех «Приюта» оказался по-настоящему большим - в испанском прокате он стал вторым по сборам за всю историю кино, а Байона получил все возможные титулы и премии на родине, включая и «Goya Awards».

    В 2012 году на экраны вышел фильм «Невозможное». Фильм рассказывает о событиях, разворачивающихся на фоне цунами 2004 года. Сценарий к картине снова написал Серджо Дж. Санчез. Фильм получил 5 премий «Гойя», в том числе за лучшую режиссуру - Хуан Антонио Байона. Кроме того, лента была номинирована в 9 категориях.

    Кроме полноэкранных работ, Байона снял, как уже упоминалось, несколько короткометражек, а также несколько видео - «10 лет с Камелой» в 2004 году, «Lo echamos a suertes» и «Tierra de Hevia» в 2005 году. Известно, что режиссер пару раз мелькнул на экранах и в качестве актера, а также выступил в качестве сценариста и исполнительного продюсера в собственной короткометражке «Человек-губка» в 2002 году.

    В 2016 году на экраны вышла фэнтазийная драма «Голос монстра», режиссером которой стал Хуан Антонио Байона. Поражающая воображение история о мальчике Конноре и монстре из его снов. Когда Коннору особенно тяжело, происходит нечто невероятное - старое тисовое дерево за окном оживает и превращается в громадное чудовище. По ночам монстр рассказывает Коннору истории, которые помогут ему понять, что даже когда весь мир рушится, можно найти в себе силы и не отчаиваться.