Александр Худанин родился в ноябре 1984 года в деревне Гладкий Мыс, Вятской губернии. В 1891 году семья Худаниных переселилась в город Мотовилиха, Пермский край. Поступил в ученики к сапожнику, одновременно учился на вечерних рабочих курсах при воскресной школе. В 15 лет стал подпольщиком-революционером, занялся распространением листовок среди рабочих и перевозкой нелегальной литературы.
В 1903 году Худанина арестовали за перевозку нелегальной литературы. Но прямых улик не нашлось, полиция его освободила. Затем стал членом Российской социал-демократической рабочей партии, меньшевиком, позднее большевиком.
С 1905 по 1907 года участвовал в революции. В ноябре 1907 года Александра Евдокимовича арестовали вновь, как работника нелегальной типографии. Позднее перебрался на Кубань, где установил связь с местными большевиками.
Летом 1913 года поселился в городе Новороссийск. Руководил восстановлением большевистской организации города, в результате чего партия смогла проводить свою политику в легальных организациях: профсоюзах, больничных кассах, потребительском обществе «Союз труда». через три года приступили к организации подпольной типографии, но инициативную группу в составе 12 человек арестовали.
Худанин до 4 марта 1917 года сидел в Новороссийской тюрьме. После освобождения приступил к формированию легальной городской большевистской организации. С марта 1917 по август 1918 года занимал должность Председателя Новороссийского комитета РСДРП(б). В Октябрьские дни 1917 года стал членом городского военно-революционного комитета. С декабря 1917 по август 1918 года состоял в Центральном Исполнительном Комитете Советов Черноморской советской республики, избран Председателем Революционного трибунала, с июля входил в состав Северо-Кавказского краевого комитета.
После занятия города Новороссийск войсками Добровольческой армии в августе 1918 года скрылся в Крыму и находился там на подпольной работе, возглавляя Алуштинский подпольный комитет РКП(б). В июне 1919 года принимал участие в обороне города Симферополь. Деникинской контрразведке удалось выследить и схватить революционера. Его жизнь оборвалась в 1919 году.
Памятник павшим революционерам А.А. Рубину, А.Е. Худанину, А.Ю. Губернскому и Х.А. Скобликову, обелиск четырем большевистским лидерам, убитым либо казненным в 1918 году, установлен в городе Новороссийск на улице Новороссийской Республики.