Сергей Худоногов родился 9 августа 1952 года в городе Нижнеудинск, Иркутская область. Мальчик вырос в обычной семье работников колхоза. Детство и юность парень провел в селах Солонцы и Катарбее Нижнеудинского района. После окончания Балакшино-Борской средней школы, в 1970 году поступил на факультет электрификации Иркутского сельскохозяйственного института. В 1975 году получил диплом данного вуза по специальности «инженер-электрик».
При распределении Худоногову предложили должность главного инженера-энергетика Нижнеудинского управления сельского хозяйства. По его инициативе создано новое предприятие в районе «Сельхозэнерго». В октябре 1981 года переведен в исполнительный комитет Нижнеудинского районного Совета народных депутатов на пост председателя плановой комиссии.
С декабря 1981 года Сергей Худоногов являлся заместителем председателя районного исполнительного комитета. Затем, с марта 1992 года занял должность Первого заместителя главы администрации Нижнеудинского района.
Сергей Михайлович Худоногов 28 января 1994 года назначен главой администрации Нижнеудинского района. Затем, шесть раз подряд избирался мэром Нижнеудинского района.
Худоногов является членом-корреспондентом Общероссийской общественной организации «Муниципальная академия»; входит в ассоциацию мэров городов и районов Иркутской области. Член партии «Единая Россия».
Вице-премьер России Виталий Мутко 7 июля 2019 года потребовал отстранить от занимаемой должности мэра Нижнеудинского района Сергея Худоногова, обвинив его в использовании коммунальных служб для восстановления своего дома после паводка, который случился в конце июня 2019 года в Иркутской области. Ранее Мутко поручил провести проверку сообщений в прессе о том, что Худоногов привлек коммунальщиков к работе на своем участке, пострадавшем от наводнения. Использование специальной коммунальной техники в личных целях подтвердилось.
Иркутское отделение партии «Единая Россия» 10 июля 2019 года приняло решение исключить из числа своих членов Сергея Худоногова, за дискредитацию партии.
Следственное Управление СКР по Иркутской области 12 июля 2019 года возбудило уголовное дело по статье 285 Уголовного Кодекса Российской Федерации «злоупотребление должностными полномочиями» в отношении Худоногова.
Дума Нижнеудинского района 15 июля 2019 года приняла отставку мэра Худоногова. Сергей Михайлович написал заявление. Через несколько часов состоялось заседание думы, на котором присутствовали семнадцать из девятнадцати депутатов. За отставку проголосовали четырнадцать человек, трое воздержались.
Награды Сергея Худоногова
Знак «Почетный работник общего образования РФ» Знак отличия «За заслуги перед Иркутской областью» Медаль «За заслуги в проведении Всероссийской переписи населения» Орден «За вклад в развитие потребительской кооперации России» Имеет Почетные грамоты президента РФ Бориса Ельцина, губернатора Иркутской области, различных ведомств. Брат - Анатолий Михайлович Худоногов, (род. 1939), профессор, доктор технических наук Иркутского Университета, проживает в Иркутске. Сестра - Галина Михайловна Худоногова (род. 1938), пенсионерка, проживает п.Балакшин Бор, Нижнеудинского района. Жена - Татьяна Аркадьевна Худоногова (род. 1953), заместитель начальника управления по развитию сельскохозяйственных отношений администрации муниципального района муниципального образования «Нижнеудинский район». Имеет дочь.