Деятель Конституционно-демократической партии.
Комиссар Временного правительства по Москве (1917).
Уполномоченный по водворению порядка в Санкт-Петербурге (1917).
Министр государственного призрения Временного правительства (1917). 

Николай Кишкин родился 11 декабря 1864 года в городе Москва. В 1889 году окончил медицинский факультет Московского государственного университета имени Ломоносова по специальности «врач-физиотерапевт». Затем стал совладельцем и директором водолечебной и электролечебной клиники в Москве. Входил в Общество содействия развитию курортов.

Кишкин участвовал в либеральном общественном движении, являлся членом «Союза Освобождения». В 1905 году стал членом Центрального комитета кадетской партии, принадлежал к левому крылу кадетов, один из лидеров московской группы партии. Дважды избирался гласным Московской городской думы. С 1914 года занимал пост заместителя главноуполномоченного и входил в состав Главного комитета Всероссийского союза городов.

Во время Февральской революции 1917 года Николай Кишкин возглавлял исполком, избранный Комитетом общественных организаций города.

С 6 марта по 25 сентября 1917 года Николай Михайлович являлся комиссаром Временного правительства в Москве, руководил подготовкой к муниципальным выборам, состоявшимся летом того же года.

Кишкин являлся сторонником коалиции с умеренными социалистическими партиями. В июле-августе 1917 года министр-председатель Керенский, лично ему доверявший, неоднократно предлагал ему войти в состав правительства.

После неудачи августовского выступления генерала Корнилова Николай Кишкин вел по поручению Керенского переговоры с торгово-промышленными деятелями об их участии в новом составе Временного правительства.

Николай Михайлович 25 сентября 1917 года назначен министром государственного призрения в последнем составе Временного правительства. В связи с наступлением немецких войск и общей политической нестабильностью на него возложены обязанности по подготовке эвакуации Петербурга с переездом Временного правительства и центральных государственных учреждений в Москву. Однако правительство не успело реализовать этот проект.

В условиях начавшейся большевистской революции, 7 ноября 1917 года Кишкин получил полномочия по водворению порядка в Петербурге, ему подчинены все военные и гражданские власти. Сместил нерешительного главнокомандующего войсками Петроградского военного округа полковника Полковникова и назначил на его место генерала Багратуни. Пытался организовать сопротивление большевикам, но потерпел неудачу из-за малочисленности войск, поддерживавших правительство. Вместе с другими министрами арестован после взятия Зимнего дворца и заключен в Петропавловскую крепость. Весной 1918 года освобожден.

После освобождения Николай Кишкин работал врачом. В 1919 году арестован как один из учредителей «Союза возрождения России» за участие в антибольшевистской деятельности, но вскоре освобожден.

В 1921 году Кишкин вместе с Сергеем Прокоповичем и Екатериной Кусковой организовал Всероссийский комитет помощи голодающим, в который вошли известные общественные деятели. Большевистские власти негативно относились к инициативе либеральных деятелей, в печати комитет издевательски называли «Прокукиш».

В результате Николай Кишкин вновь арестован по обвинению в антисоветской деятельности, находился в ссылке в Вологде, затем освобожден по амнистии. С 1923 года работал в курортном отделе Народного комиссариата здравоохранения РСФСР, неоднократно арестовывался.

Вскоре Кишкин вышел на пенсию, но в конце 1920-х годов, после ужесточения политического режима, постановление о пенсии отменено, его лишили продовольственных карточек.

Николай Михайлович Кишкин умер 16 марта 1930 года в возрасте шестидесяти пяти лет.