Клеменс Петер фон Пирке родился 12 мая 1874 года в городе Вена, Австрия. Принадлежал к дворянскому роду из Льежского епископства. По окончании средней школы, планировал стать священником, в связи с чем в 1892 году начал изучение теологии в Инсбруке. Однако во время обучения его заинтересовала философия, и в результате посвятил год на знакомство с ее основами в католическом университете. Под конец двух семестров обратил свой интерес в сторону медицины, и поступил на медицинский факультет.
В 1900 году Пирке получил диплом об окончании образования и приглашение на работу в детскую университетскую клинику в Берлине. Талант молодого врача быстро заметили на кафедре, и в 1903 году уже читал лекции студентам по теории вакцинации.
Несмотря на то, что Клеменс Пирке являлся педиатром, его научная деятельность направлена, главным образом, на исследования в области иммунологии. Так, в 1905 году сделал сообщение о сывороточной болезни. Тогда природу этого явления определить не могли. Ученый долгое время наблюдал за кожными реакциями в ответ на воздействие различных раздражителей, и назвал необычную измененную реактивность организма «аллергией». В 1907 году предложил использовать туберкулин для проведения кожных проб с целью выявления инфицирования человека микобактериями туберкулеза.
Проработав в течение девяти лет и совершив свои наиболее важные открытия в медицине, Пирке отправился в Балтимор в США и устроился на кафедру педиатрии в университет Дж. Хопкинса. Отклонив предложение остаться в стране, вернулся в Европу и с 1910 по 1911 год преподавал в Бреслау. Затем вернулся в Вену и стал работать на кафедре педиатрии в клинике Венского университета.
Большой вклад Клеменс Пирке внес также в систему здравоохранения сначала в Австрии, а затем в мире. Так, впервые организовал врачебно-педагогическое отделение, туберкулезное отделение, школу по уходу за больными для сестер и врачей, систему профилактики внутрибольничных инфекций. В последние годы врачебной деятельности уделял много внимания рекомендациям по детскому питанию.
Пирке занимал активную социальную позицию, и организовал помощь детскому населению Австрии от некоторых американских благотворительных обществ в голодные годы. Научная и общественная работа сделали его авторитетом для многих австрийцев. Незадолго до смерти даже участвовал в очередных президентских выборах.
Умер Клеменс Петер фон Пирке 28 февраля 1929 года, приняв цианид калия, вместе с женой.
Пять раз становился номинантом на Нобелевскую премию
В Австрии в знак благодарности в 2010 году была выпущена юбилейная монета в 50 евро с гравировкой, изображающей портрет талантливого врача
Предок - Жан Мартен Пирке командовал вооруженными силами епископства и получил дворянство в 1742 году
Отец - Петер Мартин Пирке де Мердага, поступил в 1799 году в австрийскую армию и в 1818 году за военные заслуги получил баронский титул