Иван Колесников родился 16 июня 1980 года в городе Партизанск Приморского края.

В 2002 году окончил Дальневосточный государственный университет путей сообщения по специальности «Экономика и управление на предприятии, экономист-менеджер».

Трудовую деятельность на железнодорожном транспорте Колесников начал после окончания университета, став экономистом локомотивного депо Смоляниново Дальневосточной железной дороги. Затем последовательно прошел ступени роста до заместителя начальника Владивостокского отделения железной дороги по экономике и финансам.

В 2007 году Иван Колесников переехал в Екатеринбург, где занял должность заместителя начальника экономической службы Свердловской железной дороги. Затем стал заместителем начальника Свердловского отделения железной дороги по экономике и финансам. Впоследствии являлся начальником экономической службы и заместителем начальника железной дороги по экономике и финансам.

С 2015 года являлся первым заместителем начальника Свердловской железной дороги по экономике, финансам и корпоративной координации.

9 апреля 2019 года возглавил Свердловскую железную дорогу. Сменил Алексея Миронова - чиновника обвиняли в получении взятки, после чего он застрелился.

21 августа 2023 года был назначен заместителем генерального директора ОАО «РЖД», курирующим пассажирский комплекс.