Елена Котова родилась 21 ноября 1954 года в городе Москва. Окончила экономический факультет МГУ. В 1980 году получила ученую степень кандидата экономических наук. В 1982-89 годах работала научным сотрудником Института востоковедения АН в области социально-экономического развития стран Азии, международных финансовых отношений. Автор двух и соавтор более 10 научных монографий, более 50 статей по проблемам международных финансов.

В 1989 году была ответственным секретарем «Межрегиональной группы народных депутатов СССР», работала с Б. Н. Ельциным, Г. Х. Поповым, А. Д. Сахаровым, Г. И. Бурбулисом, Э. А. Шеварднадзе и др.

В 1990 году избрана депутатом Моссовета от движения «ДемРоссия» и стала Председателем постоянной комиссии по экономической политике и предпринимательству, членом Президиума Моссовета.

В 1991-1992 годы - председатель Комитета по управлению имуществом г. Москвы и приватизации муниципальной собственности.

С 1993 работала советником Исполнительного Директора от Российской Федерации Международного валютного фонда. В 1994-1997 годы являлась руководителем проектов во Всемирном банке, работала в Казахстане, Киргизии, Словении, России.

С 1998 по 1999 год - заместитель Председателя Внешэкономбанка, Москва. С 9 апреля 1999 года по 2000 год - первый вице-президент Мост-Банка.

С 2000 по 2001 годы занимала пост заместителя председателя Московского банка реконструкции и развития, в 2001 году возвращается во Внешэкономбанк. С 2002 по 2005 год - вице-президент Внешторгбанка, отвечает за сделки по прямому вхождению в капитал.

С 2005 года Елена Котова занимала пост Исполнительного Директора ЕБРР от РФ, Беларуси, Таджикистана. Участвовала в коллегиальном принятии решений по стратегии, бизнес-планам, продуктам и отдельным проектам Банка, работала в финансовом комитете, модерировала диалог ЕБРР с Правительством РФ и частным сектором.

Летом 2010 года ЕБРР провел собственными силами внутреннее расследование в отношении Е. Котовой, которое выявило нарушения кодекса корпоративной этики. Премьер-министр России Владимир Путин 9 декабря 2010 года освободил Елену Котову от должности директора от России в совете директоров ЕБРР.

В настоящее время Елена Котова - писатель, публицист, колумнист изданий «Сноб», «Русский пионер» и других СМИ, опубликовала 6 романов.