Елена Ковальчук родилась в 1910 году в селе Германовка Обуховского района Киевской области Украинской ССР. Незадолго до начала воный вместе с матерью Мерщи Екатериной Ивановной проживала в Киеве. Состояла в ВКП(б). Была призвана на службу Ленинским РВК города Киева.
Елена Ковальчук - санинструктор 169 гвардейского стрелкового Краснознаменного полка 1 гвардейской стрелковой Пролетарской Московско-Минской ордена Ленина дважды Краснознамённой орденов Суворова и Кутузова дивизии.
Гвардии старшина медицинской службы с поля боя вынесла сотни раненых бойцов и офицеров 1-й Московской дивизии. Четыре раза была ранена. В 1942 году лежала в одном из московских госпиталей. За мужество и отвагу Ковальчук награждена орденами Ленина, Красного Знамени, Отечественной войны I степени, Красной Звезды и несколькими медалями.
Погибла 15 июля 1944 года в трех-четырех километрах западнее Немана в бою за город Алитус Литовской ССР. Извещение о смерти от 24 июля 1944 года. Похоронена на воинском кладбище в городе Алитус на по улице Улону. В центре этого тихого литовского города города на скромном гранитном обелиске надпись: «Гвардии старшина Е.Б. Ковальчук. 1912—1944. Пала смертью храбрых в борьбе за освобождение Родины».
Имя Ковальчук Елены Борисовны увековечено на братской могиле «1200 гвардейцев» на Гвардейском проспекте города Калининграда. Памятник был установлен по просьбе однополчан. В центре поселка Комсомольск, что в Калининградской области, в ее честь установлен бронзовый бюст на высоком бетонном пьедестале. Так же в Калининграде есть улица, названная её именем. Есть памятник в Алитусе, а неподалеку от города - колхоз ее имени.
Подразделения, в которых служила Елена Ковальчук: