Елена Кутукова родилась 1 июня 1972 года в городе Москва. Мама была председателем исполкома районного совета народных депутатов Ворошиловского района, отец - заместителем руководителя аппарата комитета Совета Федерации РФ.
В сентябре 1989 года Елена начала свою трудовую деятельность инспектором отдела кадров Московского авиационного института, где проработала до 1993 года.
В 1995 году Кутукова окончила Московский ордена Трудового Красного Знамени институт управления имени Серго Орджоникидзе по специальности математические методы и исследование операций в экономике.
С 1993 по 2014 годы была сотрудником военной части № 68242 управления Федеральной службы безопасности по Москве и Московской области. Занималась, в том числе, делами по войне и политическим осужденным, аналитикой, обеспечением безопасности данных и созданием информационных систем. В это же время, в 2003 году, стала кандидатом экономических наук Государственного университета управления.
С 2014 по 2016 годы Елена Сергеевна Кутукова работала на руководящих должностях в «Государственном научно-исследовательском институте системного анализа Счетной палаты Российской Федерации». В 2016 году стала доцентом по специальности «Экономика и управление народным хозяйством».
В сентябре 2017 года Кутукова назначена на должность заместителя Губернатора Архангельской области - руководителя представительства Архангельской области при Правительстве Российской Федерации.
Елена Кутукова является членом Общественного совета при архангельском отделении Всемирного русского народного собора и активным членом Поморского землячества в Москве. Более 10 лет занимается восстановлением деревянного Богоявленского храма в селе Ошевенское Каргопольского района Архангельской области.
Полковник запаса ФСБ России.