Владимир Липунов родился 17 августа 1952 года в городе Райчихинск Амурской области. В 1976 году окончил Московский государственный университет и до 1979 года работал в Киеве в Главной астрономической обсерватории Академии наук Украинской ССР.
В 1982 году окончил аспирантуру МГУ и с 1981 по 1992 годы был доцентом в Астрономическом отделении факультета физики МГУ и работал в Государственном астрономическом институте имени П.К.Штернберга. Затем работал профессором на кафедре астрофизики и звездной астрономии МГУ, где читает лекции и ведет семинары по настоящее время. В декабре 2014 года Липунов с помощью Глобальной роботизированной сети телескопов МАСТЕР обнаружил новый, по сообщениям российских новостных агентств, потенциально опасный для землян астероид, размерами превосходящий уже известный астероид Апофис. Новый астероид получил имя 2014 UR116.
Член Союза писателей России. Первая его книга - «Старая дева Мария», автор пьес «Дети звезд», «Старая песня», «Ночной дозор», повестей «Листья московской осени», «Прелесть», «Чайка по имени Федор». В апреле 1999 года Липунов организовал литературный интернет-журнал «Русский переплет».