Сергей Лобан родился 3 сентября 1972 года в городе Москва. Будучи студентом Московского института электроники и математики, торговал футболками и матрешками на Арбате.
После получения диплома вместе с друзьями открыл андеграундный клуб «Дебаркадер». Вскоре «Дебаркадер» стал знаменит, как центр андеграундной культуры. Сергей занимал пост арт-директора и отвечал за музыкальную программу.
Позднее стал корреспондентом на телевидении, в программе «До 16 и старше». Телепередаче требовались молодые режиссеры. На съемках познакомился со сценаристами Мариной Потаповой и Дмитрием Моделем. Сергей с друзьями основали творческое объединение «СВОИ2000».
В 2001 году редакция белорусской газеты «Новинки» пригласила Сергея Лобана выступить в качестве режиссера проекта «Случай с пацаном». Вскоре вместе с участниками различных культурных и общественных движений, Сергей основал студию «Фабрика».
В 2005 году Сергей Лобан снял фантастическую полнометражную ленту «Пыль», получившую первый диплом жюри российской кинокритики на XXVII Московском Международном кинофестивале, приз за лучший фильм на фестивале «КИНОШОК-2005» и специальный приз от жюри премии «КИНОТЕАТР.DOC 2005». Одну из главных ролей в картине исполнил Петр Мамонов. Знакомство с актером состоялось во время интервью для программы «До 16 и старше».
В 2011 году в рамках XXXIII Московского Международного кинофестиваля состоялась премьера еще одного художественного фильма Сергея Лобана «Шапито-шоу», своеобразную пародию на современное кино. По итогам голосования, этой картине достался специальный приз.