Николай Лопаткин родился 18 февраля 1924 года в городе Москва. Учился на лечебном факультете в Российском национальном исследовательском медицинском университете имени Н. И. Пирогова, который успешно окончил в 1947 году. Затем зачислен в ординатуру на кафедру факультетской хирургии, которую окончил в 1950 году. В 1953 году защитил кандидатскую диссертацию. В 1959 году защитил докторскую диссертацию на тему «Почечная ангиография».
Трудовую деятельность Лопаткин начал в том же университете. Прошел путь от ассистента до заведующего кафедрой урологии и оперативной нефрологии. С 1979 года работал директором Научно-исследовательского института урологии Минздрава Российской Федерации, основателем которого и является. Впервые исследовал и внедрил в клиническую практику экстракорпоральные операции на почках, методику аутотрансплантации. Применил аппарат «искусственная почка» и являлся инициатором создания отделения хронического гемодиализа.
Параллельно с научной Николай Алексеевич активно занимался педагогической деятельностью. Читал лекции, проводил показательные операции для студентов, ординаторов и аспирантов, обучал специалистов из других регионов России на курсах повышения квалификации по урологии. Под его руководством защищено 23 докторских и 36 кандидатских диссертаций.
Николай Лопаткин являлся председателем Всесоюзного общества урологов и Российского научного общества урологов. Главный редактор журнала «Урология». Академик Академии Медицинских наук. Автор более 700 научных работ, в том числе более 30 монографий, включая учебник «Урология».
Николай Алексеевич Лопаткин скончался 16 сентября 2013 года. Похоронен на Ваганьковском кладбище.
Орден «За заслуги перед Отечеством» 3-й степени
Орден Дружбы народов
Заслуженный деятель науки Российской Федерации
Герой Социалистического Труда
2 ордена Ленина
Орден Октябрьской Революции
Орден Трудового Красного Знамени
Лауреат трех Государственных премий СССР
Лауреат премии Совета Министров СССР
Медали