Владимир Макеев родился 25 апреля 1947 года в городе Москва. Учился в средней школе № 707, где в 1964 году выполнил норматив мастера спорта СССР по плаванию, установив юношеский рекорд СССР. В 1970 году окончил Высшее военно-морское училище подводного плавания имени Ленинского комсомола.
По завершению учебы служил командиром группы управления второй боевой части на атомных крейсерах Северного флота К-32 и К-219. В 1976 году получил дополнительное образование, окончив Высшие специальные офицерские классы ВМФ СССР. Заочно обучался в Военно-морской академии имени А. А. Гречко.
С июля 1976 года Макеев назначен старшим помощником командира строящейся атомной подводной лодки К-140. В декабре этого же года, после того как этот ракетоносец К-140 вступил в строй, Владимир успешно провёл в Белом море боевые испытания нового типа ракетного вооружения. С 1980 года командовал подводными лодками К-253 и К-92 31-й дивизии подводных лодок Северного флота.
В 1984 году Владимир Михайлович завоевал приз Главнокомандующего Военно-морского флота Советского союза «За ракетную стрельбу».
В 1987 году в течение трех лет являлся заместителем командира дивизии подводных лодок. С 1990 года назначен командиром 13-й дивизии подводных лодок.
Владимиру Макееву присвоено воинское звание «контр-адмирал» 7 июля 1992. С марта 1994 года назначен первым заместителем командующего 3-й флотилией подводных лодок СФ.
В августе 1995 года контр-адмирал Макеев вступил в должность старшего на борту тяжёлого подводного крейсера ТК-20 «Северсталь» проекта 941 «Акула». ТК-20 совместно с двуми другими многоцелевыми атомными подводными лодками совершил длительный поход к Северному полюсу. Целями похода были изучение условий плавания, возможности всплытия во льдах, а также использование новой техники и тактических приёмов.
Указом Президента Российской Федерации от 23 июля 1996 года «за мужество и героизм, проявленные при исполнении воинского долга в условиях, сопряжённых с риском для жизни», контр-адмиралу Макееву Владимиру Михайловичу присвоено звания Героя Российской Федерации. Часть экипажа ТК-20 «Северсталь» также получила государственные награды.
В феврале 1997 года назначен начальником 45-го Государственного центрального морского испытательного полигона Беломорской военно-морской базы Северного флота.
С апреля 2002 года контр-адмирал Макеев в отставке. За время службы на Северном флоте Владимир Михайлович в качестве командира и старшего на борту совершил 29 автономных дальних походов с решением задач боевой службы, из них 14 походов подо льдами Арктики.
Живёт в городе Москва, где работает заместителем генерального директора ФГУП «Агат».
Макеев награжден орденом «Красной Звезды», «За службу Родине в Вооружённых Силах СССР» III степени и множества медалей. Удостоен званий Почётный мастер спорта СССР, Почётный полярник.