Владимир Маланин родился 30 августа 1942 года в селе Сылвинск, Пермская область. Окончил с отличием Кунгурский нефтяной техникум, получив квалификацию техника-технолога по холодной обработке металлов резанием. В 1960-1965 годах учился на механико-математическом факультете Пермского университета. Как одному из лучших студентов ПГУ, на пятом курсе ему была предоставлена возможность обучения и стажировки на механико-математическом факультете МГУ. После окончания в 1965 году университета и получения диплома специалиста-механика, был приглашен для преподавательской работы на кафедре механики.
С 1965 года по 1969 годы - ассистент кафедры механики. В 1966 году поступил и в 1969 году досрочно окончил аспирантуру по специальности «Теоретическая механика»; в 1970 году получил степень кандидата физико-математических наук. С 1969 года - старший преподаватель, с апреля 1971 года - доцент кафедры механики. Работал на кафедре в области сложных динамических систем.
С ноября 1975 до конца 2011 года - заведующий кафедрой механики и процессов управления механико-математического факультета Пермского университета. В 1991 году присвоено ученое звание профессора, в марте 2001 года присуждена ученая степень доктора технических наук. С 2011 года перешел на должность профессора кафедры.
С 1983 года по 1987 год - проректор по научной работе Пермского университета. В марте 1987 года В.В.Маланин был избран коллективом университета на должность ректора; затем он четырежды переизбирался на эту должность. В 1996 году был избран председателем Совета ректоров вузов Пермской области, в 2007 году - председателем Совета ректоров вузов Пермского края. 15 января 2010 года уволен с поста ректора по собственному желанию и избран президентом ПГУ как национального исследовательского университета. С 2010 года является членом Совета Российского союза ректоров, членом президиума Евразийской ассоциации университетов, членом Президиума Пермского научного центра УрО РАН, членом Совета попечителей и Ученого совета ПГНИУ.
Заместитель Председателя Научно-методического совета по теоретической механике при Министерстве образования и науки Российской Федерации, Председатель Пермского отделения Императорского православного палестинского общества, председатель Совета ИППО Пермского края.
Был доверенным лицом президента РФ В.В.Путина на президентских выборах 2000, 2004 и 2012 годов. Председатель Общественного совета ГУВД Пермского края, член Общественной палаты Пермского края 1, 2, 3 созывов. Свободно владеет английским и французским языками.
Является основателем нового научного направления, связанного с динамикой сложных детерминированных и стохастических систем. Научные интересы также связаны с такими темами, как компьютерная алгебра, математическое моделирование в естественных науках, общая и прикладная механика, методы оптимизации, история физико-математических наук.
Самое длительное по периоду работы направление научных исследований - решение задач оптимального управления полетом летательных аппаратов. В последнее время занят разработкой методов механики твердого тела, использующих для описания движения параметры Родрига - Гамильтона и Кэли - Клейна.
Под руководством В.В.Маланина с 1975 года на кафедре механики Пермского университета долгие годы работает научный семинар по динамическим системам. Важную роль в его становлении как ученого и преподавателя сыграли научные стажировки в 1976 и 1977 годах в Сорбонне и в 1999 году - в Оксфорде.
Под руководством В.В.Маланина на базе Пермского университета, учебных и научных учреждений области и края были проведены международные, всесоюзные, всероссийские и региональные конференции, симпозиумы и семинары. Является руководителем научных работ по грантам CDRF, РФФИ.
В.В.Маланин подготовил 8 кандидатов наук; являлся научным консультантом при подготовке двух докторских диссертаций. С 2010 года - председатель докторского диссертационного совета ПГНИУ по физико-математическим наукам, а также Пермского регионального отделения РГНФ.
Является автором и соавтором более 440 публикаций по различным областям науки, из которых 139 вышли в закрытой печати, 5 научных пособий для вузов, сборника задач, 10 монографий, 5 свидетельств об официальной регистрации программ для ЭВМ, 4 свидетельств об официальной регистрации систем управления базами данных, 16 патентов и свидетельств о государственной регистрации.
Член Национального комитета по теоретической и прикладной механике РАН, заместитель Председателя Научно-методического совета по теоретической механике Министерства образования и науки Российской Федерации.
За время работы В.В.Маланина в должности заведующего кафедрой были созданы и оборудованы лаборатория общей механики и кабинет механики, носящий имя И.Ф.Верещагина, а также лаборатория информационной безопасности, установлены научные контакты с ведущими университетами и институтами.
Маланин является одним из инициаторов и активным участником создания самостоятельного хозрасчетного научного подразделения университета нового типа - конструкторского бюро «Маяк», которое объединило ряд хоздоговорных лабораторий кафедр университета; является научным руководителем одного из его отделов.
Работая на посту проректора, Маланин проявил себя как инициативный организатор научных исследований. В этот период вырос научный авторитет университета, более чем в два раза увеличились объемы финансирования исследований, появились новые лаборатории в университете и Естественнонаучном институте при Пермском университете, свои корпус и производственная база в ОКБ «Маяк».
Под руководством Маланина-ректора в Пермском университете были реорганизованы действующие и созданы новые факультеты и кафедры, начато обучение десяткам новых специальностей, оптимизирована структура вуза и другое. После снятия в 1989 года с Перми статуса города, закрытого для посещения иностранцев, Маланин много внимания уделял развитию международных связей. В начале 1990 годов был построен новый корпус ЕНИ, в 2004 году - новый административно-учебный корпус.
За столетнюю историю Пермского университета В.В.Маланину принадлежит рекорд по сроку ректорства.